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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaacttcttattgctgctgatcacttgccaaattgccaatgtcctagagggtacatgtcttaattcctcttgtcctacagCTTGTCATCGTTGCACTCATGACAATGACGGTATTTATACGCACTCGGATGGCTGTAGACTTGCAACATTCAAATTATTTTCTGGGTTCTCTGTTTTATA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0020g00680.t01
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32458166|gb|CD799340.1|CD799340
EST:     TGCTCCTCATGAAGAGGAACTCATTTGTATATGTGTTCAAAACAACACAG                         CTTGTCATCGTTGCACTCATGACAATGACGGTATTTATACGCACTCGGACG
genomic: TGCTCCTCATGAAGAGGAACTCATTTGTATATGTGTTCAAAACAACACAGgtaacttctt ... tgtcctacagCTTGTCATCGTTGCACTCATGACAATGACGGTATTTATACGCACTCGGATG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgccaaattgccaatgtcctagagggtacatgtcttaattcctcttgtcctacagCTTGTCATCGTTGCACTCATGACAATGACGGTATTTATACGCACTCGGATGGCTGTAGACTTGCAACATTCAAATTATTTTCTGGGTTCTCTGTTTTATA
                                tcttaat  putative branch site (score: 3)
                                      ttcctcttgtcctac  CT-rich tract
                                tcttaatt  TA-rich tract