Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttaaactttgaaccatcaagctttatctggactaccagtaatatggaatttttaccttaatagctaactctgtggggcaactttttctcttgcagACAAGTAGCTTTATGTTGTGGTGAATTGGCCATAAGGGTGCATATGGATGAACTTTATGTGTCTTGGGAGAATCGTCGAAGAACAGAGACAAACTTTATA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv04s0023g03620.t01
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71884542|gb|DT033597.1|DT033597
EST:     GGAAGACAAGTGAATAATCTGATGCTGTGGAATTTGTTTTCATTTTTCAG                         ACAAGAAGCTTTATGTTGTGGTGAATTGGCCATAAGGGTGCATATGGATGA
genomic: GGAAGACAAGTGAATAATCTGATGCTGTGGAATTTGTTTTCATTTTTCAGgtttaaactt ... tctcttgcagACAAGTAGCTTTATGTTGTGGTGAATTGGCCATAAGGGTGCATATGGATGA
EST: gi|30137292|gb|CB922630.1|CB922630
EST:     GGAAGACAAGTGAATAATCTGATGCTGTGGAATTTGTTTTCATTTTTCAG                         ACAAGAAGCTTTATGTTGTGGTGAATTGGCCATAAGGGTGCATATGGATGA
genomic: GGAAGACAAGTGAATAATCTGATGCTGTGGAATTTGTTTTCATTTTTCAGgtttaaactt ... tctcttgcagACAAGTAGCTTTATGTTGTGGTGAATTGGCCATAAGGGTGCATATGGATGA
EST: gi|30130168|gb|CB915507.1|CB915507
EST:     GGAAGACAAGTGAATAATCTGATGCTGTGGAATTTGTTTTCATTTTTCAG                         ACAAGAAGCTTTATGTTGTGGTGAATTGGCCATAAGGGTGCATATGGATGA
genomic: GGAAGACAAGTGAATAATCTGATGCTGTGGAATTTGTTTTCATTTTTCAGgtttaaactt ... tctcttgcagACAAGTAGCTTTATGTTGTGGTGAATTGGCCATAAGGGTGCATATGGATGA
EST: gi|110425434|gb|EC991819.1|EC991819
EST:     GGAAGACAAGTGAATAATCTGATGCTGTGGAATTTGTTTTCATTTTTCAG                         ACAAGTAGCTTTATGTTGTG---AATTGGCCATAAGGGTGCATATGGATGA
genomic: GGAAGACAAGTGAATAATCTGATGCTGTGGAATTTGTTTTCATTTTTCAGgtttaaactt ... tctcttgcagACAAGTAGCTTTATGTTGTGGTGAATTGGCCATAAGGGTGCATATGGATGA
EST: gi|110690274|gb|EE067240.1|EE067240
EST:     GGAAGACAAGTGAATAATCTGATGCTGTGGAATTTGTTTTCATTTTTCAG                         ACAAGAAGCTTTATGTTGTGGTGAATTGGCCATAAGGGTGCATATGGATGA
genomic: GGAAGACAAGTGAATAATCTGATGCTGTGGAATTTGTTTTCATTTTTCAGgtttaaactt ... tctcttgcagACAAGTAGCTTTATGTTGTGGTGAATTGGCCATAAGGGTGCATATGGATGA
EST: gi|351049150|gb|FQ449872.1|FQ449872
EST:     GGAAGACAAGTGAATAATCTGATGCTGTGGAATTTGTTTTCATTTTTCAG                         ACAAGTAGCTTTATGTTGTGGTGAATTGGCCATAAGGGTGCATATGGATGA
genomic: GGAAGACAAGTGAATAATCTGATGCTGTGGAATTTGTTTTCATTTTTCAGgtttaaactt ... tctcttgcagACAAGTAGCTTTATGTTGTGGTGAATTGGCCATAAGGGTGCATATGGATGA
EST: gi|110684657|gb|EE062188.1|EE062188
EST:     GAAGACAAGTGAATAATCTGATGCTGGTGGA-TTTGTTTTCATTTTTCAG                         ACAAGAAGCTTTATGTTGTGGGGAAATGGCCATAAGGGTGCATATGGATG
genomic: GAAGACAAGTGAATAATCTGATGCTG-TGGAATTTGTTTTCATTTTTCAGgtttaaactt ... tctcttgcagACAAGTAGCTTTATGTTGTGGTGAATTGGCCATAAGGGTGCATATGGATG
EST: gi|30137146|gb|CB922484.1|CB922484
EST:     GGAAGACAAGTGAATAATCTGATGCTGTGGAATTTGTTTTCATTTTTCAG                         ACAAGTAGCTTTATGTTGTGGTGAATTGGCCATAAGGGTGCATATGGATGA
genomic: GGAAGACAAGTGAATAATCTGATGCTGTGGAATTTGTTTTCATTTTTCAGgtttaaactt ... tctcttgcagACAAGTAGCTTTATGTTGTGGTGAATTGGCCATAAGGGTGCATATGGATGA
EST: gi|71882495|gb|DT031550.1|DT031550
EST:     GGAAGACAAGTGAATAATCTGATGCTGTGGAATTTGTTTTCATTTTTCAG                         ACAAGAAGCTTTATGTTGTGGTGAATTGGCCATAAGGGTGCATATGGATGA
genomic: GGAAGACAAGTGAATAATCTGATGCTGTGGAATTTGTTTTCATTTTTCAGgtttaaactt ... tctcttgcagACAAGTAGCTTTATGTTGTGGTGAATTGGCCATAAGGGTGCATATGGATGA
EST: gi|110693944|gb|EE070616.1|EE070616
EST:     GGAAGACAAGTGAATAATCTGATGCTGTGGAATTTGTTTTCATTTTTCAG                         ACAAGNAANGCTTTAGGTTGTGG
genomic: GGAAGACAAGTGAATAATCTGATGCTGTGGAATTTGTTTTCATTTTTCAGgtttaaactt ... tctcttgcagACAAGTA--GCTTTATGTTGTGG
EST: gi|110689984|gb|EE066684.1|EE066684
EST:     GGAAGACAAGTGAATAATCTGATGCTGTGGAATTTGTTTTCATTTTTCAG                         ACAAGAAGCTTTATGTTGTGGTGAATTGGCCATAAGGGTGCATATGGATGA
genomic: GGAAGACAAGTGAATAATCTGATGCTGTGGAATTTGTTTTCATTTTTCAGgtttaaactt ... tctcttgcagACAAGTAGCTTTATGTTGTGGTGAATTGGCCATAAGGGTGCATATGGATGA
EST: gi|110386665|gb|EC951280.1|EC951280
EST:     GGAAGACAAGTGAATAATCTGATGCTGTGGAATTTGTTTTCATTTTTCAG                         ACAAGAAGCTTTATGTTGTGGTGAATTGGCCATAAGGGTGCATATGGATGA
genomic: GGAAGACAAGTGAATAATCTGATGCTGTGGAATTTGTTTTCATTTTTCAGgtttaaactt ... tctcttgcagACAAGTAGCTTTATGTTGTGGTGAATTGGCCATAAGGGTGCATATGGATGA
EST: gi|34362336|gb|CF403921.1|CF403921
EST:     GGAAGACAAGTGAATAATCTGATGCTGTGGAATTTGTTTTCATTTTTCAG                         ACAAGAAGCTTTATGTTGTGGTGAATTGGCCATAAGGGTGCATATGGATGA
genomic: GGAAGACAAGTGAATAATCTGATGCTGTGGAATTTGTTTTCATTTTTCAGgtttaaactt ... tctcttgcagACAAGTAGCTTTATGTTGTGGTGAATTGGCCATAAGGGTGCATATGGATGA
EST: gi|110409069|gb|EC974725.1|EC974725
EST:     GGAAGACAAGTGAATAATCTGATGCTGTGGAATTTGTTTTCATTTTTCAG                         ACAAGTAGCTTTATGTTGTG---AATTGGCCATAAGGGTGCATATGGATGA
genomic: GGAAGACAAGTGAATAATCTGATGCTGTGGAATTTGTTTTCATTTTTCAGgtttaaactt ... tctcttgcagACAAGTAGCTTTATGTTGTGGTGAATTGGCCATAAGGGTGCATATGGATGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atatggaatttttaccttaatagctaactctgtggggcaactttttctcttgcagACAAGTAGCTTTATGTTGTGGTGAATTGGCCATAAGGGTGCATATGGATGAACTTTATGTGTCTTGGGAGAATCGTCGAAGAACAGAGACAAACTTTATA
                     agctaac  putative branch site (score: 2)
                                        ctttttctcttgc  putative PPT
      aatttttaccttaata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttaaactttgaaccatcaagctttatctggactaccagtaatatggaatttttaccttaatagctaactctgtggggcaactttttctcttgcagACAAGTAGCTTTATGTTGTGGTGAATTGGCCATAAGGGTGCATATGGATGAACTTTATGTGTCTTGGGAGAATCGTCGAAGAACAGAGACAAACTTTATA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAC