Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcggttctcatcatttaaatttagggattaggacttcaaggttttaatttactttcagctcatgctatttttactgttaataaatatttcgtcttatcagGTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGTGGAGCACCAAATGAAGAGGAAGTATTGCAGTATGCTAGAGTTGTAATTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0127g00260.t01
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv01s0127g00260.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA08G17010.2 (Glycine max), 3'ss of exon 9
--gtgcggttctcatcatttaaatttagggattaggacttcaaggttttaatttactttcagctcatgctatttttactgttaataaatatttcgtcttatcagGTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGTGGAGCACCAAATGAAGAGGAAGTATTGCAGTATGCTAGAGTTGTAATTG
   |  ||| ||  | || ||  | ||      |  |  |     ||  ||   |   | |  | | || |  |    | |||   | || ||  |   | ||||| || ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| || || ||||||||||| |||||||| ||||
acctctggtact--ttatctat-tctaatataaattatctttgccttccaaaaaaaaataaaattaagcaacatac-ttcttacatactaatttattaaaacagGTAGGGGATCTCGGTTATGCTCCTGAGCTTGGAAACTATGCAGAATATAGTGGTGCACCCAAGGAAGATGAGGTCTTGCAGTATGCCAGAGTTGTGATTG

upper sequence: Vv01s0127g00260.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA15G42140.2 (Glycine max), 3'ss of exon 8
gtgcggttctcatcatttaaatttagggattaggacttcaaggttttaatttactttcagctcatgctatttttactgttaataaatatttcgtcttatcagGTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGTGGAGCACCAAATGAAGAGGAAGTATTGCAGTATGCTAGAGTTGTAATTG
||| | ||||  |  ||||||  |     |     ||   |  ||  ||| |  | | |  | | || ||      | |||   | || ||  |   | ||||| || ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| || || ||||||||||| ||||| || ||||
gtgtgtttctattactttaaaagttaaattccttgct---aatttccaatctcttgtaacattaagcaatacac-ttcttacatactaatttattaaaacagGTAGGAGATCTTGGTTATGCTCCTGAGCTTGGAAACTATGCAGAATATAGTGGTGCACCCAAGGAAGATGAGGTCTTGCAGTATGCCAGAGTAGTGATTG

upper sequence: Vv01s0127g00260.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA01G03530.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
gtgcggttctcatcatttaaatttagggattaggacttcaaggttttaatttactttcagctcatgctatttttactgttaataaatatttcgtcttatcagGTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGTGGAGCACCAAATGAAGAGGAAGTATTGCAGTATGCTAGAGTTGTAATTG
||| | ||||| | |||| ||        | |   ||  ||  |||     ||   | |  | |    || | || |   ||||| ||         | ||||| || ||||| || | ||| ||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||| || |||||||| || |||||||| || |||||||||||||
gtgtgtttctc-ttattttaacaccaaattcatagctaaaacatttg----taacattaagtgacaacatatgtagtac-aataatta---------aacagGTAGGAGATCTTGGCTTTGCATCTGAGCTTGGAAACTATGCTGAATACAGTGGTGCACCCAAAGAAGAGGAGGTCTTGCAGTACGCCAGAGTTGTAATTG

upper sequence: Vv01s0127g00260.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA02G04120.2 (Glycine max), 3'ss of exon 9
gtgcggttctcatcatttaaatttagggattaggacttcaaggttttaatttactttcagctcatgctatttttactgttaataaatatttcgtcttatcagGTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGTGGAGCACCAAATGAAGAGGAAGTATTGCAGTATGCTAGAGTTGTAATTG
||| | ||||| | |||| ||        | |   ||  ||  |||     ||   | |  | |     | | || |       ||||||       | ||||| || ||||| || | ||| ||||||||||| |||||||| || || || || ||||| || |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||
gtgtgtttctc-ttattttaacaccaaattcatagctaaaacatttg----taacattaagtgacaacttatgtagtac-----aatattaa-----aacagGTAGGAGATCTTGGCTTTGCATCTGAGCTTGGAAACTATGCTGAATACAGCGGTGCACCCAAAGAAGAGGAGGTCTTGCAGTATGCCAGAGTTGTAATTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110363218|gb|EC926793.1|EC926793
EST:     TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACG                         GTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
genomic: TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACGgtgcggttct ... gtcttatcagGTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
EST: gi|71882514|gb|DT031569.1|DT031569
EST:     TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACG                         GTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
genomic: TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACGgtgcggttct ... gtcttatcagGTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
EST: gi|111125104|gb|EE253722.1|EE253722
EST:     TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACG                         GTAGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
genomic: TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACGgtgcggttct ... gtcttatcagGTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
EST: gi|32247604|gb|CD713423.1|CD713423
EST:     TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACG                         GTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
genomic: TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACGgtgcggttct ... gtcttatcagGTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
EST: gi|351054175|gb|FQ450257.1|FQ450257
EST:     TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACG                         GTTGGCGATCTCGGCTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
genomic: TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACGgtgcggttct ... gtcttatcagGTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
EST: gi|71888760|gb|DT037815.1|DT037815
EST:     TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACG                         GTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
genomic: TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACGgtgcggttct ... gtcttatcagGTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
EST: gi|30325227|gb|CD008489.1|CD008489
EST:     TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACG                         GTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
genomic: TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACGgtgcggttct ... gtcttatcagGTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
EST: gi|110698225|gb|EE075525.1|EE075525
EST:     TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACG                         GTTGGCGATCTCGGCTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
genomic: TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACGgtgcggttct ... gtcttatcagGTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
EST: gi|349820930|gb|FQ408638.1|FQ408638
EST:     TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACG                         GTTGGCGATCTCGGCTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
genomic: TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACGgtgcggttct ... gtcttatcagGTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
EST: gi|110702653|gb|EE078810.1|EE078810
EST:     TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACG                         GTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
genomic: TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACGgtgcggttct ... gtcttatcagGTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
EST: gi|32271862|gb|CD721021.1|CD721021
EST:     TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACG                         GTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
genomic: TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACGgtgcggttct ... gtcttatcagGTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
EST: gi|351035742|gb|FQ463587.1|FQ463587
EST:     TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACG                         GTTGGCGATCTCGGCTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
genomic: TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACGgtgcggttct ... gtcttatcagGTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
EST: gi|32271741|gb|CD720900.1|CD720900
EST:     TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACG                         GTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
genomic: TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACGgtgcggttct ... gtcttatcagGTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
EST: gi|349822202|gb|FQ412466.1|FQ412466
EST:     TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACG                         GTTGGCGATCTCGGCTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
genomic: TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACGgtgcggttct ... gtcttatcagGTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
EST: gi|110416323|gb|EC982295.1|EC982295
EST:     TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACG                         GTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
genomic: TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACGgtgcggttct ... gtcttatcagGTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
EST: gi|111125102|gb|EE253720.1|EE253720
EST:     TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACG                         GTAGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
genomic: TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACGgtgcggttct ... gtcttatcagGTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
EST: gi|32272154|gb|CD721313.1|CD721313
EST:     TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACG                         GTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
genomic: TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACGgtgcggttct ... gtcttatcagGTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
EST: gi|71882170|gb|DT031225.1|DT031225
EST:     TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACG                         GTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
genomic: TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACGgtgcggttct ... gtcttatcagGTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
EST: gi|161718453|gb|FC065040.1|FC065040
EST:     TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACG                         GTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
genomic: TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACGgtgcggttct ... gtcttatcagGTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
EST: gi|351044803|gb|FQ449057.1|FQ449057
EST:     TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACG                         GTTGGCGATCTCGGCTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT
genomic: TTTGGACTATGGTAGCAGGAGGAGGTGCAAGTGTCATCTATGCAGATACGgtgcggttct ... gtcttatcagGTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatttactttcagctcatgctatttttactgttaataaatatttcgtcttatcagGTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGTGGAGCACCAAATGAAGAGGAAGTATTGCAGTATGCTAGAGTTGTAATTG
                             tgttaat  putative branch site (score: 3)
                                         tttcgtctt  putative PPT
                atgctatttttactgt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgcggttctcatcatttaaatttagggattaggacttcaaggttttaatttactttcagctcatgctatttttactgttaataaatatttcgtcttatcagGTTGGTGATCTCGGTTATGCTTCTGAGCTTGGGAACTATGCAGAGTATAGTGGAGCACCAAATGAAGAGGAAGTATTGCAGTATGCTAGAGTTGTAATTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGGA