Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ccctggccagatctttcttaggatatatttatgtttcagttctgtactgtttgttctgatagttaagttctttctctgttctttgcctcccttgctacagAAATCCCAACATACAGAGTTGTGTTGTTTATAATGATTGCTTTTGGTGTGATACCAACAGTCTCATTCAA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0010g00950.t01
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110701014|gb|EE078175.1|EE078175
EST:     AGAATTTGGAAAGTCTATGCCCTTTTTAAGTTGGCTGCCATTTGTATATG                         AAATCCCAACATACAGAGTTGTGTTGTTTATAATGATTGCTTTTGGTGTGA
genomic: AGAATTTGGAAAGTCTATGCCCTTTTTAAGTTGGCTGCCATTTGTATATGgtaatacaat ... cttgctacagAAATCCCAACATACAGAGTTGTGTTGTTTATAATGATTGCTTTTGGTGTGA
EST: gi|349824351|gb|FQ417738.1|FQ417738
EST:     AGAATTTGGAAAGTCTATGCCCTTTTTAAGTTGGCTGCCATTTGTATATG                         AAATCCCAACATACAG
genomic: AGAATTTGGAAAGTCTATGCCCTTTTTAAGTTGGCTGCCATTTGTATATGgtaatacaat ... cttgctacagAAATCCCAACATACAG
EST: gi|110694296|gb|EE071276.1|EE071276
EST:     AATTTTGGAA-GTCTATGCCCTTTTTAAAGTTGGCTGCCATTTGTATATG                         AAATCCCAACATACAGAGTTGTGTTGTTTAAAATGATCCCTTTTGG
genomic: AATTT-GGAAAGTCTATGCCCTTTTTAA-GTTGGCTGCCATTTGTATATGgtaatacaat ... cttgctacagAAATCCCAACATACAGAGTTGTGTTGTTTATAATGATTGCTTTTGG
EST: gi|33409238|gb|CF214865.1|CF214865
EST:     AGAATTTGGAAAGTCTATGCCCTTTTTAAGTTGGCTGCCATTTGTATATG                         AAATCCCAACATACAGAGTTGTGTTGTTTATAATGATCGCTTTTGGTGTGA
genomic: AGAATTTGGAAAGTCTATGCCCTTTTTAAGTTGGCTGCCATTTGTATATGgtaatacaat ... cttgctacagAAATCCCAACATACAGAGTTGTGTTGTTTATAATGATTGCTTTTGGTGTGA
EST: gi|110687900|gb|EE065836.1|EE065836
EST:     AGAATTTGGAAAGTCTATGCCCTTTTTAAGTTGGCTGCCATTTGTATATG                         AAATCCCAACATACAGAGTTGTGGTGTTTATAATGATCGCTTTTGGTGTGA
genomic: AGAATTTGGAAAGTCTATGCCCTTTTTAAGTTGGCTGCCATTTGTATATGgtaatacaat ... cttgctacagAAATCCCAACATACAGAGTTGTGTTGTTTATAATGATTGCTTTTGGTGTGA
EST: gi|33409643|gb|CF215270.1|CF215270
EST:     ATTTGGAAAGTCTATGCCCTTTTTAAGTTGGCTGCCATTTGTATATG                         AAATCCCAACATACAGAGTTGTGTTGTTTATAATGATCGCTTTTGGTGTGA
genomic: ATTTGGAAAGTCTATGCCCTTTTTAAGTTGGCTGCCATTTGTATATGgtaatacaat ... cttgctacagAAATCCCAACATACAGAGTTGTGTTGTTTATAATGATTGCTTTTGGTGTGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actgtttgttctgatagttaagttctttctctgttctttgcctcccttgctacagAAATCCCAACATACAGAGTTGTGTTGTTTATAATGATTGCTTTTGGTGTGATACCAACAGTCTCATTCAA
        ttctgat  putative branch site (score: 3)
                      ttctttctctgttctt  putative PPT
             atagttaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ccctggccagatctttcttaggatatatttatgtttcagttctgtactgtttgttctgatagttaagttctttctctgttctttgcctcccttgctacagAAATCCCAACATACAGAGTTGTGTTGTTTATAATGATTGCTTTTGGTGTGATACCAACAGTCTCATTCAA

ccctggc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgtttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgatag