Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tctatgcttaggtgaattcattttgtgtgtctagtatttcttttcaataagtattctcagtatctaaatgcaactgattgaaagtggtttggatggttagATAAGCATGGATCCACAAAGTGCTATAGCTCAAGTTAAGAGGGCTGGTCTTTTTCGGACCCAGGGCCTTATTGGAGGAAAATGGATGGATGCTTATGATG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0085g00860.t01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71862425|gb|DT011480.1|DT011480
EST:     CTCATCTGCCATTTTTATAGGCAGAATTTCTTGATTCAGCTGTGATTTAT                         ATAAGCATGGATCCACAAAGTGCTATAGCTCAAGTTAAGAGGGCTGGTCTT
genomic: CTCATCTGCCATTTTTATAGGCAGAATTTCTTGATTCAGGTGTGATTTATgtgggttttt ... ggatggttagATAAGCATGGATCCACAAAGTGCTATAGCTCAAGTTAAGAGGGCTGGTCTT
EST: gi|71856037|gb|DT005092.1|DT005092
EST:     CTCATCTGCCATTTTTATAGGCAGAATTTCTTGATTCAGCTGTGATTTAT                         ATAAGCATGGATCCACAAAGTGCTATAGCTCAAGTTAAGAGGGCTGGTCTT
genomic: CTCATCTGCCATTTTTATAGGCAGAATTTCTTGATTCAGGTGTGATTTATgtgggttttt ... ggatggttagATAAGCATGGATCCACAAAGTGCTATAGCTCAAGTTAAGAGGGCTGGTCTT
EST: gi|71861490|gb|DT010545.1|DT010545
EST:     CTCATCTGCCATTTTTATAGGCAGAATTTCTTGATTCAGCTGTGATTTAT                         ATAAGCATGGATCCACAAAGTGCTATAGCTCAAGTTAAGAGGGCTGGTCTT
genomic: CTCATCTGCCATTTTTATAGGCAGAATTTCTTGATTCAGGTGTGATTTATgtgggttttt ... ggatggttagATAAGCATGGATCCACAAAGTGCTATAGCTCAAGTTAAGAGGGCTGGTCTT
EST: gi|71860172|gb|DT009227.1|DT009227
EST:     CTCATCTGCCATTTTTATAGGCAGAATTTCTTGATTCAGCTGTGATTTAT                         ATAAGCATGGATCCACAAAGTGCTATAGCTCAAGTTAAGAGGGCTGGTCTT
genomic: CTCATCTGCCATTTTTATAGGCAGAATTTCTTGATTCAGGTGTGATTTATgtgggttttt ... ggatggttagATAAGCATGGATCCACAAAGTGCTATAGCTCAAGTTAAGAGGGCTGGTCTT
EST: gi|161705553|gb|FC054834.1|FC054834
EST:     TTTTTATAGGCAGAATTTCTTGATTCAGCTGTGATTTAT                         ATAAGCATGGATCCATAAAGTGCTATAGCTCAAGTTAAGAGGGCTGGTCTT
genomic: TTTTTATAGGCAGAATTTCTTGATTCAGGTGTGATTTATgtgggttttt ... ggatggttagATAAGCATGGATCCACAAAGTGCTATAGCTCAAGTTAAGAGGGCTGGTCTT
EST: gi|71862210|gb|DT011265.1|DT011265
EST:     CTCATCTGCCATTTTTATAGGCAGAATTTCTTGATTCAGCTGTGATTTAT                         ATAAGCATGGATCCACAAAGTGCTATAGCTCAAGTTAAGAGGGCTGGTCTT
genomic: CTCATCTGCCATTTTTATAGGCAGAATTTCTTGATTCAGGTGTGATTTATgtgggttttt ... ggatggttagATAAGCATGGATCCACAAAGTGCTATAGCTCAAGTTAAGAGGGCTGGTCTT
EST: gi|71861253|gb|DT010308.1|DT010308
EST:     CTCATCTGCCATTTTTATAGGCAGAATTTCTTGATTCAGCTGTGATTTAT                         ATAAGCATGGATCCACAAAGTGCTATAGCTCAAGTTAAGAGGGCTGGTCTT
genomic: CTCATCTGCCATTTTTATAGGCAGAATTTCTTGATTCAGGTGTGATTTATgtgggttttt ... ggatggttagATAAGCATGGATCCACAAAGTGCTATAGCTCAAGTTAAGAGGGCTGGTCTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aataagtattctcagtatctaaatgcaactgattgaaagtggtttggatggttagATAAGCATGGATCCACAAAGTGCTATAGCTCAAGTTAAGAGGGCTGGTCTTTTTCGGACCCAGGGCCTTATTGGAGGAAAATGGATGGATGCTTATGATG
                          aactgat  putative branch site (score: 3)
               tatctaaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tctatgcttaggtgaattcattttgtgtgtctagtatttcttttcaataagtattctcagtatctaaatgcaactgattgaaagtggtttggatggttagATAAGCATGGATCCACAAAGTGCTATAGCTCAAGTTAAGAGGGCTGGTCTTTTTCGGACCCAGGGCCTTATTGGAGGAAAATGGATGGATGCTTATGATG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
-ctatgct
- - - - - - - - - - - -tgtgtgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caataag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atgcaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gattgaaa