Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...aaagaaactggatggggagtctagcattagcatattctacaacaatcatgttgaggtgtttaatcacaacttggtgaaatcttgatctctgtaattgcagACAGTCGAGTTATAATGTGTCGTCTTCAAACTTGGGATGAAGAGGATGAAGACCACTCCCTGAATACTGGTAATCAGCTGGAGCATGATGAGATGAGGGT
Basic information
Mapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|122691057|gb|EC966833.1|EC966833EST: GGCCAATGTCATTGGAGGTTGCTGGTCTGCAATAG ACAGTCAAGTTATAATGTGTCGTCTTCAAACTTGGGATGAAGAGGATGAAG
genomic: GGCCAATGTCATTGGAGGTTGCTGGTCTGCAATAGgtttcactct ... gtaattgcagACAGTCGAGTTATAATGTGTCGTCTTCAAACTTGGGATGAAGAGGATGAAG
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.tcatgttgaggtgtttaatcacaacttggtgaaatcttgatctctgtaattgcagACAGTCGAGTTATAATGTGTCGTCTTCAAACTTGGGATGAAGAGGATGAAGACCACTCCCTGAATACTGGTAATCAGCTGGAGCATGATGAGATGAGGGT
tcttgat putative branch site (score: 4)
tctctgt CT-rich tract
tgtttaat TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
aaagaaactggatggggagtctagcattagcatattctacaacaatcatgttgaggtgtttaatcacaacttggtgaaatcttgatctctgtaattgcagACAGTCGAGTTATAATGTGTCGTCTTCAAACTTGGGATGAAGAGGATGAAGACCACTCCCTGAATACTGGTAATCAGCTGGAGCATGATGAGATGAGGGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
aaagaaa
- - - - -ggatggg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - acaacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcatgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatcaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cttggtg