Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...tgcagaccactgttctcatgctgctatcttgtgggatattcaattattgccttttattggttgtggaacctaaagggatgttgaacaatttgttttgtagGTAGCAGAACTTGTTTTGAGCAAAAAGTCTTTCCAAACTAATATTCGTGACTATTCAAAGCTTATTGATGTGCATGCTAAGGAGAATCGCGTGGAAGATG
Basic information
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.attgccttttattggttgtggaacctaaagggatgttgaacaatttgttttgtagGTAGCAGAACTTGTTTTGAGCAAAAAGTCTTTCCAAACTAATATTCGTGACTATTCAAAGCTTATTGATGTGCATGCTAAGGAGAATCGCGTGGAAGATG
acctaaa putative branch site (score: 3)
tttgtttt putative PPT
aatttgtttt TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
tgcagaccactgttctcatgctgctatcttgtgggatattcaattattgccttttattggttgtggaacctaaagggatgttgaacaatttgttttgtagGTAGCAGAACTTGTTTTGAGCAAAAAGTCTTTCCAAACTAATATTCGTGACTATTCAAAGCTTATTGATGTGCATGCTAAGGAGAATCGCGTGGAAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - -accactg
- - - - - - - ctcatgc
- - - - - - - - - - -tgctatc
- - - - - - - - - - - - - - ttgtggg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggttgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aacctaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aacaatt