Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtggctgtttcatgccttatatctctactacttttatgcttctgggacaatagcttaatgtttttgcttgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAACGGCAGCTTTGAGCACAGCATTGTTCAATGATGGGGCTTCATGTGGGCA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv18s0001g01130.t01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71863576|gb|DT012631.1|DT012631
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|33403109|gb|CF208736.1|CF208736
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|77588857|gb|DV223669.1|DV223669
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGC-T-TGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|46917545|gb|CN546874.1|CN546874
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|161713936|gb|FC062596.1|FC062596
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|37183804|gb|CF603158.1|CF603158
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|110699688|gb|EE076904.1|EE076904
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|110708116|gb|EE085293.1|EE085293
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|30131998|gb|CB917337.1|CB917337
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|110714003|gb|EE090418.1|EE090418
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGGGGCAGTGATGCCTCTGGGACTATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|110369865|gb|EC934035.1|EC934035
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|161706709|gb|FC055888.1|FC055888
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|37183612|gb|CF602966.1|CF602966
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|110357488|gb|EC921070.1|EC921070
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|27583861|gb|CB006556.1|CB006556
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|33402971|gb|CF208598.1|CF208598
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|33402975|gb|CF208602.1|CF208602
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|110699676|gb|EE076885.1|EE076885
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGGGGCAGTGATGCCTCTGGGACTATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|77589225|gb|DV223876.1|DV223876
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|110723729|gb|EE101375.1|EE101375
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|33402973|gb|CF208600.1|CF208600
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|56409173|gb|CX017425.1|CX017425
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGGGGCAGTGATGCCTCTGGGACTATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCCACTGGATATGGAGCAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|110357147|gb|EC920492.1|EC920492
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|27584868|gb|CB007563.1|CB007563
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|30126915|gb|CB912254.1|CB912254
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|56409602|gb|CX017854.1|CX017854
EST:     TAAAGCTCGCGCTACGTTTTATGGGGGCAGTGATGCCTCTGGGACTATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCCACTGGATATGGAGCAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|33402976|gb|CF208603.1|CF208603
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|30138054|gb|CB923392.1|CB923392
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|71885355|gb|DT034410.1|DT034410
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGC-T-TGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|110712412|gb|EE090005.1|EE090005
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|30134637|gb|CB919975.1|CB919975
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|110712117|gb|EE089374.1|EE089374
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|71857660|gb|DT006715.1|DT006715
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|30304428|gb|CB981222.1|CB981222
EST:     AGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCANTGATGCCTCTGGGACAATGG                         CAGTAGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: AGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|71857351|gb|DT006406.1|DT006406
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|161719598|gb|FC067044.1|FC067044
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|56409750|gb|CX018002.1|CX018002
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGGGGCAGTGATGCCTCTGGGACTATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCCACTGGATATGGAGCAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|110699428|gb|EE076420.1|EE076420
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|110719117|gb|EE096726.1|EE096726
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|110711622|gb|EE088311.1|EE088311
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGGGGCAGTGATGCCTCCGGGACTATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|30133803|gb|CB919142.1|CB919142
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|71858334|gb|DT007389.1|DT007389
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|30135572|gb|CB920910.1|CB920910
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|110718403|gb|EE095196.1|EE095196
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|37183690|gb|CF603044.1|CF603044
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|33402970|gb|CF208597.1|CF208597
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
EST: gi|110721055|gb|EE097613.1|EE097613
EST:     TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGG                         GAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA
genomic: TAAAGCTCACGCTACGTTTTATGGAGGCAGTGATGCCTCTGGGACAATGGgtaagtggct ... tgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctactacttttatgcttctgggacaatagcttaatgtttttgcttgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAACGGCAGCTTTGAGCACAGCATTGTTCAATGATGGGGCTTCATGTGGGCA
                             gcttaat  putative branch site (score: 4)
                                     tttttgctt  CT-rich tract
                               ttaatgttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagtggctgtttcatgccttatatctctactacttttatgcttctgggacaatagcttaatgtttttgcttgcccaacagGAGGGGCTTGTGGATATGGAAACTTGTACTCTACTGGATATGGAACAAGAACGGCAGCTTTGAGCACAGCATTGTTCAATGATGGGGCTTCATGTGGGCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT