1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...ttatcaagctccattgaacaggccaccaaagggcccagcccaatgtcaccttgtacccattccctggccctagggtttcgtcctcttttatatattctagGGATTCAGTCTTCCATCTCCCGCAACCCTAGCAGCAGGAGCAGAAGAAGAAGCTGTAGCAGCAGCCATG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv17s0000g01520.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tcaccttgtacccattccctggccctagggtttcgtcctcttttatatattctagGGATTCAGTCTTCCATCTCCCGCAACCCTAGCAGCAGGAGCAGAAGAAGAAGCTGTAGCAGCAGCCATG
tttcgtcctcttttat CT-rich tract
tcttttatatattcta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttatcaagctccattgaacaggccaccaaagggcccagcccaatgtcaccttgtacccattccctggccctagggtttcgtcctcttttatatattctagGGATTCAGTCTTCCATCTCCCGCAACCCTAGCAGCAGGAGCAGAAGAAGAAGCTGTAGCAGCAGCCATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - -gctccat
- - - - - - - - - - - ccaccaa
- - - - - - - - - - - - - - - - -cccagcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caatgtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccttgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccattcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctggccc