Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttattgctactccattaaaggcttttctattttctattttctattactccacactgaaacttcttacttgcctttaattgaaactcatcatctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGCTAGCAGAGCTCTCGCTAAAATGTCTTTTGAAGAACAAGATCTAACAGGA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv16s0100g01280.t01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv16s0100g01280.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os10g35870.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
-ttattgctactccattaaaggctt--ttctattttctattttctattactccacactgaaacttcttacttgcctttaattgaaactcatcatctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGCTAGCAGAGCTCTCGCTAAAATGTCTTTTGAAGAACAAGATCTAACAGGA
 || ||||    ||  |||     |  ||  |   |  ||  |  | || |    |       |||| | || || || |   |   | |    |   |||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || || ||||| || ||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||    || ||| | || || 
attgttgcattgcccctaatattctgttttgaaagtggatacttaaatattttttaactgtgtttctaa-ttaccattcac--attttgacggccatatgcagGATGTTCTATGGACCTGGTGGACCTTATGCGCTATTCGCTGGCAAAGATGCCAGCAGAGCACTCGCTAAGATGTCCTTCGAGCCCCAGGATTTGACCGGT

upper sequence: Vv16s0100g01280.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os02g42740.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
---------------------------------------------ttattgctactccattaaaggcttttctattttctattttctattactccacactgaaacttcttacttgcctttaattgaaact-catcatc-tcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGCTAGCAGAGCTCTCGCTAAAATGTCTTTTGAAGAACAAGATCTAACAGGA
                                              | |   | ||    | | |||  | |   |  | |||    || |||       |   |    |  | | |  || || |   | ||||  | | ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||| || |  |||||||| |||||| | || || ||||| || ||     | ||| |||| || 
gtaggcttccttcatttcttgggtaccgtaaaaattcgatcgaaactttcttttcttggatcatggcactacctatgaccattgcaaatcactagctctagctgcaaaatgttcgtccatatttcatctttcatctccgttttgcagGATGTTCTATGGACCTGGTGGCCCATACGCACTGTTTGCAGGCAGAGATGCTAGTAGAGCTTTGGCGAAGATGTCCTTCGAGCTGGATGATTTAACCGGC

upper sequence: Vv16s0100g01280.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
lower sequence: AT3G48890.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
ttattgctactccattaaaggcttttctattttctattttctattactccacactgaaacttcttacttgcctttaattgaaactcatcatctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGCTAGCAGAGCTCTCGCTAAAATGTCTTTTGAAGAACAAGATCTAACAGGA
 |  |  |  |   |   | ||| |  | |||  |  ||   | |   |   |||   |||  |  ||    |  |     | ||  || | |  |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||| || || ||||| ||||| || |||||  | || |||
atcatattcatatgtgccaagctgtagtttttcattcttcaaactctacttaactcttactggtcgctaatttgcatgaccatctgttctttttatgcagGATGTTTTATGGACCAGGTGGGCCATATGCTCTGTTTGCAGGGAAAGATGCAAGCCGAGCTCTGGCAAAGATGTCATTTGAGGACCAAGACTTGACTGGA

upper sequence: Vv16s0100g01280.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
lower sequence: PP1S38_353V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 6
-ttattgctactccattaaaggcttttctattttctattttctattactccacactgaaacttctta--cttgcctttaattgaaactcatcatctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGCTAGCAGAGCTCTCGCTAAAATGTCTTTTGAAGAACAAGATCTAACAGGA
   || |   |||     | |   | | |  |||       |||| |    ||    |||||||| |  ||| |  |  |  |   ||         |  ||||  ||| ||||||||||| || ||||| || || ||||||||||| || || ||||| ||||| || |||||||||||||| ||  | ||||| || || 
agaatcgtctctcttccgagg---tctatcgtttgagagacctatcatgtaacggataaacttctgagacttactatggaacgctcctggaacatcgtaacagGGCATTTTATGGACCTGGCGGACCATACGCACTCTTTGCTGGGAAAGACGCCAGCAGGGCTCTGGCCAAAATGTCTTTTGAGGAGAAGGATCTGACTGGC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71857401|gb|DT006456.1|DT006456
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|34550990|gb|CF519194.1|CF519194
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110690402|gb|EE067480.1|EE067480
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|22009434|gb|BQ794468.1|BQ794468
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110692602|gb|EE072032.1|EE072032
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|161716397|gb|FC068407.1|FC068407
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|33409241|gb|CF214868.1|CF214868
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110696584|gb|EE072830.1|EE072830
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|33410404|gb|CF216031.1|CF216031
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|349830190|gb|FQ420450.1|FQ420450
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110694604|gb|EE071856.1|EE071856
EST:     CTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|33402756|gb|CF208383.1|CF208383
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110413971|gb|EC979791.1|EC979791
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|33407839|gb|CF213466.1|CF213466
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|294965627|gb|GW837226.1|GW837226
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCTAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110401178|gb|EC967779.1|EC967779
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110392944|gb|EC957616.1|EC957616
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110710283|gb|EE086485.1|EE086485
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|161713209|gb|FC063061.1|FC063061
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110686848|gb|EE063742.1|EE063742
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|351028674|gb|FQ446347.1|FQ446347
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110732864|gb|EE108523.1|EE108523
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|34364039|gb|CF405624.1|CF405624
EST:     GGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGTTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: GGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110391096|gb|EC956050.1|EC956050
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|33410514|gb|CF216141.1|CF216141
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|161708764|gb|FC057920.1|FC057920
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110723825|gb|EE099117.1|EE099117
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110711208|gb|EE087465.1|EE087465
EST:     CCTTTGCTTATGGCCATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|51050028|gb|CO818345.1|CO818345
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110365377|gb|EC928270.1|EC928270
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110724240|gb|EE099896.1|EE099896
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110374250|gb|EC938905.1|EC938905
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110703642|gb|EE080667.1|EE080667
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110411478|gb|EC977192.1|EC977192
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110686755|gb|EE064755.1|EE064755
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110363801|gb|EC927419.1|EC927419
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110726810|gb|EE102915.1|EE102915
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|351013894|gb|FQ434046.1|FQ434046
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110714341|gb|EE091134.1|EE091134
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110690772|gb|EE068245.1|EE068245
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|349828262|gb|FQ416215.1|FQ416215
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110685666|gb|EE062586.1|EE062586
EST:     CCTTTGCTTATGGTTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110689511|gb|EE065798.1|EE065798
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110691125|gb|EE068867.1|EE068867
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|33409646|gb|CF215273.1|CF215273
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|56409109|gb|CX017361.1|CX017361
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|349831063|gb|FQ420733.1|FQ420733
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|161721187|gb|FC071044.1|FC071044
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110384219|gb|EC948640.1|EC948640
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110722102|gb|EE098038.1|EE098038
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110730148|gb|EE106896.1|EE106896
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110712222|gb|EE089599.1|EE089599
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110686363|gb|EE063915.1|EE063915
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110689263|gb|EE065333.1|EE065333
EST:     CCTTTGCTTCTGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110732380|gb|EE107626.1|EE107626
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110687344|gb|EE064672.1|EE064672
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110688129|gb|EE066329.1|EE066329
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|33408456|gb|CF214083.1|CF214083
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110723913|gb|EE099282.1|EE099282
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110689636|gb|EE066035.1|EE066035
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110383378|gb|EC947749.1|EC947749
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110686626|gb|EE064482.1|EE064482
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110688520|gb|EE067168.1|EE067168
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110689751|gb|EE066248.1|EE066248
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110375596|gb|EC940601.1|EC940601
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|110687190|gb|EE064385.1|EE064385
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|87586396|gb|DY474678.1|DY474678
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
EST: gi|349823469|gb|FQ414879.1|FQ414879
EST:     CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAG                         GATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC
genomic: CCTTTGCTTATGGCTATCAAGGGTCAGATCTATGATGTTTCACAGGGCAGgtatagcgtt ... tctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actccacactgaaacttcttacttgcctttaattgaaactcatcatctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGCTAGCAGAGCTCTCGCTAAAATGTCTTTTGAAGAACAAGATCTAACAGGA
                                          tcatctctt  CT-rich tract
                           tttaattgaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttattgctactccattaaaggcttttctattttctattttctattactccacactgaaacttcttacttgcctttaattgaaactcatcatctcttgcagGATATTCTATGGACCTGGTGGTCCATATGCTCTGTTTGCTGGGAAGGATGCTAGCAGAGCTCTCGCTAAAATGTCTTTTGAAGAACAAGATCTAACAGGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - ctactcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctccaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aattgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - actcatc