Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttcaagtagtttcttgatgaccttttttcgcttttcctcaatttctttcaaactttttatttttctctcttttttcttgttgatttttttttttggaagGTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv16s0100g00300.t01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv16s0100g00300.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA16G32360.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
---------------------------------------------tttcaagtag-tttcttgatgaccttttttcgcttttcctcaatttctttcaaactttttatttttctctcttttttcttgttgatttttttttttggaagGTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAG
                                             || |||||   ||| |||||||   ||      ||    | | | |    ||| |||   |||||    || |||   |  || ||| | | |||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
gtattcattctccttctctccctcattttatttttccttttttttttccaagttcctttattgatgatgattgcatatttgcatttagtattcaccaagctt---attttcaaatcatttgcttacttaattctgtgttttggaagGACCCCATGATGTCAGAGTTAGAATGAAGGCTGTTGGTATCTGTGGGAGTGATGTTCACTACCTCAAG

upper sequence: Vv16s0100g00300.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA09G27310.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
-tttcaagtagtttcttgatgaccttttttcgcttttcctcaatttctttcaaactttttatttttctctcttttttcttgttgatttttttttttggaagGTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAG
 | |  | |      ||  | |  |  |   | ||    | | | || |  || |||   |||||    || ||    |  || ||| | | |||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
gtattcattttcaaattccttaattgatgatgattgcatttactatcctctaagctt---attttcaagtcattggcttacttaattatgtgttttggaagGACCCCATGATGTCAGAGTTAGAATGAAGGCTGTTGGTATTTGTGGGAGTGATGTTCACTACCTCAAG

upper sequence: Vv16s0100g00300.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
lower sequence: AT5G51970.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
tttcaagtagtttcttgatgaccttttttcgcttttcctcaatttctttcaaactttttatttttctctcttttttcttgttgattttt-ttttttggaagGTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAG
      |||       |||    |||  | |  | |    | | || |   | | |||  ||     |  |     ||  | ||||| | ||  ||  |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||
------gtaagacaaagatttgatttgattggatatttggattgtcctgtgaccctttggttcggaaccttggaaactgatagatttatgttcattcaaagGTCCTCATGATGTGAGAGTTAGGATGAAAGCTGTTGGTATTTGTGGAAGTGATGTTCATTACCTTAAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349823554|gb|FQ414964.1|FQ414964
EST:     TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAGCCTTTCATCCTCCCTCCTCTTG                         GTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
genomic: TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTGgtaatcatcc ... tttttggaagGTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
EST: gi|110723192|gb|EE100222.1|EE100222
EST:     TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTG                         GTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
genomic: TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTGgtaatcatcc ... tttttggaagGTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
EST: gi|110720879|gb|EE097185.1|EE097185
EST:     TCTCGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTG                         GTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
genomic: TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTGgtaatcatcc ... tttttggaagGTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
EST: gi|161720719|gb|FC070638.1|FC070638
EST:     TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTG                         GTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
genomic: TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTGgtaatcatcc ... tttttggaagGTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
EST: gi|110718284|gb|EE094941.1|EE094941
EST:     TCTCGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTG                         GTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
genomic: TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTGgtaatcatcc ... tttttggaagGTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
EST: gi|71855314|gb|DT004369.1|DT004369
EST:     TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTG                         GTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
genomic: TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTGgtaatcatcc ... tttttggaagGTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
EST: gi|161706425|gb|FC056313.1|FC056313
EST:     TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTG                         GTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
genomic: TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTGgtaatcatcc ... tttttggaagGTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
EST: gi|34548498|gb|CF516730.1|CF516730
EST:     TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTG                         GTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
genomic: TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTGgtaatcatcc ... tttttggaagGTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
EST: gi|27581705|gb|CB004400.1|CB004400
EST:     TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTG                         GTCCTCATGATGTTAGAATTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
genomic: TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTGgtaatcatcc ... tttttggaagGTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
EST: gi|110713228|gb|EE088964.1|EE088964
EST:     TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTG                         GTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
genomic: TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTGgtaatcatcc ... tttttggaagGTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
EST: gi|351022073|gb|FQ437860.1|FQ437860
EST:     TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTG                         GTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
genomic: TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTGgtaatcatcc ... tttttggaagGTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
EST: gi|351028131|gb|FQ426032.1|FQ426032
EST:     TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTG                         GTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
genomic: TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTGgtaatcatcc ... tttttggaagGTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
EST: gi|27582562|gb|CB005257.1|CB005257
EST:     TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTG                         GTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
genomic: TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTGgtaatcatcc ... tttttggaagGTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
EST: gi|71858137|gb|DT007192.1|DT007192
EST:     TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTG                         GTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
genomic: TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTGgtaatcatcc ... tttttggaagGTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
EST: gi|28962065|gb|CB341098.1|CB341098
EST:     TCTTGGAGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTG                         GTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
genomic: TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTGgtaatcatcc ... tttttggaagGTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
EST: gi|351040180|gb|FQ425266.1|FQ425266
EST:     TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTG                         GTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
genomic: TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTGgtaatcatcc ... tttttggaagGTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
EST: gi|30304263|gb|CB981057.1|CB981057
EST:     TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTG                         GTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG
genomic: TCTTGGGGTTAACAACCTCAAGATCCAACCTTTCATCCTCCCTCCTCTTGgtaatcatcc ... tttttggaagGTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctttcaaactttttatttttctctcttttttcttgttgatttttttttttggaagGTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAG
                                 tgttgat  putative branch site (score: 4)
        ctttttatttttctct  CT-rich tract
                       tcttttttcttgttga  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tttcaagtagtttcttgatgaccttttttcgcttttcctcaatttctttcaaactttttatttttctctcttttttcttgttgatttttttttttggaagGTCCTCATGATGTTAGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGTATATGTGGAAGTGATGTTCACTACCTCAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- tcaagta
- - - - - - - -tgatgac
- - - - - - - - - - - - - - - - - -tcctcaa