1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...tgtagggcaggactgaaaatggatggatgcatcaaacttgttattttttcttgtataaatggagaaccacttgtctgatttgtttgatcattcttaccagGCCTCAACTGTGGAGAGGATAATGAAGAATCTACGACAAGAAATCACACAATTGAGGAGATCTTTGGAGGAATCTAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv16s0050g00680.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAGGCAGTAAGTCAGATAGTAGTGAATGTGAAGAGGAGGTTGTTAGTCTG GCCTCAACTGTGGAGAGGATAATGAAGAATTTACGACAAGAAATCACACAA
genomic: CAGGCAGTAAGTCAGATAGTAGTGAATGTGAAGAGGAGGTTGTTAGTCTGgtattgctct ... ttcttaccagGCCTCAACTGTGGAGAGGATAATGAAGAATCTACGACAAGAAATCACACAA
ttttcttgtataaatggagaaccacttgtctgatttgtttgatcattcttaccagGCCTCAACTGTGGAGAGGATAATGAAGAATCTACGACAAGAAATCACACAATTGAGGAGATCTTTGGAGGAATCTAG
tcattctt CT-rich tract
ttgtataaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgtagggcaggactgaaaatggatggatgcatcaaacttgttattttttcttgtataaatggagaaccacttgtctgatttgtttgatcattcttaccagGCCTCAACTGTGGAGAGGATAATGAAGAATCTACGACAAGAAATCACACAATTGAGGAGATCTTTGGAGGAATCTAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - -ggcagga
- - - - - - - gaaaatg
- - - - - - - - - - - - ggatgca
- - - - - - - - - - - - - - - -tcaaact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agaacca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtctga