1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...ggccttgcattctctctgttgcctgcctgtgccatatttgtgcattatgcatattttatggcttcaattcaccctccataattaccatgcaagcttgcagGTAATTTGGGAGCAGGTGAAGTCCAATTTCTTTATGCCAAGGTCTGGATCGTGAAGCAGTCATGGCAGAGGGCACAGAAGTTGAGGATAGGGTGGATCTT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv15s0048g02700.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACAGCCCACAAAATAAATCCACTG GTAATTTGGGAGCAGGTGAAATCCAATTTCTTTATGCCAAGGTCTGGATCGEST: gi|349833094|gb|FQ416472.1|FQ416472
genomic: ACAGCCCACAAAATAAATCCACTGgtatgcacca ... aagcttgcagGTAATTTGGGAGCAGGTGAAGTCCAATTTCTTTATGCCAAGGTCTGGATCG
EST: ACAGCCCACAAAATAAATCCACTG GTAATTTGGGAGCAGGTGAAATCCAATTTCTTTATGCCAAGGTCTGGATCGEST: gi|351020125|gb|FQ445732.1|FQ445732
genomic: ACAGCCCACAAAATAAATCCACTGgtatgcacca ... aagcttgcagGTAATTTGGGAGCAGGTGAAGTCCAATTTCTTTATGCCAAGGTCTGGATCG
EST: ACAGCCCACAAAATAAATCCACTG GTAATTTGGGAGCAGGTGAAATCCAATTTCTTTATGCCAAGGTCTGGATCGEST: gi|351015298|gb|FQ445582.1|FQ445582
genomic: ACAGCCCACAAAATAAATCCACTGgtatgcacca ... aagcttgcagGTAATTTGGGAGCAGGTGAAGTCCAATTTCTTTATGCCAAGGTCTGGATCG
EST: ACAGCCCACAAAATAAATCCACTG GTAATTTGGGAGCAGGTGAAATCCAATTTCTTTATGCCAAGGTCTGGATCGEST: gi|351019214|gb|FQ429374.1|FQ429374
genomic: ACAGCCCACAAAATAAATCCACTGgtatgcacca ... aagcttgcagGTAATTTGGGAGCAGGTGAAGTCCAATTTCTTTATGCCAAGGTCTGGATCG
EST: ACAGCCCACAAAATAAATCCACTG GTAATTTGGGAGCAGGTGAAATCCAATTTCTTTATGCCAAGGTCTGGATCGEST: gi|161713778|gb|FC063778.1|FC063778
genomic: ACAGCCCACAAAATAAATCCACTGgtatgcacca ... aagcttgcagGTAATTTGGGAGCAGGTGAAGTCCAATTTCTTTATGCCAAGGTCTGGATCG
EST: AAAGAAAATCCAAAAGGAAAATCACAGCCCACAAAATAAATCCTCTG GTAATTTGGGAGCAGGTGAAGTCCAATTTCTTTATGCCAAGGTCTGGATCG
genomic: AAAGAAAATCCAAAAGGAAAATCACAGCCCACAAAATAAATCCACTGgtatgcacca ... aagcttgcagGTAATTTGGGAGCAGGTGAAGTCCAATTTCTTTATGCCAAGGTCTGGATCG
tatgcatattttatggcttcaattcaccctccataattaccatgcaagcttgcagGTAATTTGGGAGCAGGTGAAGTCCAATTTCTTTATGCCAAGGTCTGGATCGTGAAGCAGTCATGGCAGAGGGCACAGAAGTTGAGGATAGGGTGGATCTT
atattttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggccttgcattctctctgttgcctgcctgtgccatatttgtgcattatgcatattttatggcttcaattcaccctccataattaccatgcaagcttgcagGTAATTTGGGAGCAGGTGAAGTCCAATTTCTTTATGCCAAGGTCTGGATCGTGAAGCAGTCATGGCAGAGGGCACAGAAGTTGAGGATAGGGTGGATCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- ccttgca
- - - - - tctctct
- - - - - - - - - - gcctgcc
- - - - - - - - - - - - - - -tgccata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgcatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tatggct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -accatgc