1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...agactagcatttttttttatgtagtttctgatctcagcaaagtgaattatgcatagatttctcagtatgctgaaatgggctttacatgttatgatgtcagATCACTCAACAAGATTTCACAGAGATGGCTTGGCAAGCAATTGTTTCTTCACCAGAAGTGGCAAAGGAGAACAAGCATCAGATAGTAGAGACAGAGCATT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv14s0108g01500.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTAAGTGTCCCAGGTCTTTCGTTGTTCGATGCGATGCTTCCGGTGGAAGG ATCACTCAACAAGATTTCACAGAGATGGCTTGGCAAGCAATTGTTTCTTCAEST: gi|34549536|gb|CF517768.1|CF517768
genomic: GTAAGTGTCCCAGGTCTTTCGTTGTTCGATGCGATGCTTCCGGTGGAAGGgtgagtcttg ... atgatgtcagATCACTCAACAAGATTTCACAGAGATGGCTTGGCAAGCAATTGTTTCTTCA
EST: GTAAGTGTCCCAGGTCTTTCGTTGTTCGATGCGATGCTTCCGGTGGAAGG ATCACTCAACAAGATTTCACAGAGATGGCTTGGCAAGCAATTGTTTCTTCA
genomic: GTAAGTGTCCCAGGTCTTTCGTTGTTCGATGCGATGCTTCCGGTGGAAGGgtgagtcttg ... atgatgtcagATCACTCAACAAGATTTCACAGAGATGGCTTGGCAAGCAATTGTTTCTTCA
attatgcatagatttctcagtatgctgaaatgggctttacatgttatgatgtcagATCACTCAACAAGATTTCACAGAGATGGCTTGGCAAGCAATTGTTTCTTCACCAGAAGTGGCAAAGGAGAACAAGCATCAGATAGTAGAGACAGAGCATT
atagattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agactagcatttttttttatgtagtttctgatctcagcaaagtgaattatgcatagatttctcagtatgctgaaatgggctttacatgttatgatgtcagATCACTCAACAAGATTTCACAGAGATGGCTTGGCAAGCAATTGTTTCTTCACCAGAAGTGGCAAAGGAGAACAAGCATCAGATAGTAGAGACAGAGCATT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - -tcagcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcatag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acatgtt