1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...gaagcaccataaattaggttatatcatttttatctctcttttttactgtactggaaagtagtcataaaaggtatgttagtaaacacagttttccttgcagGCTGCTTTAAAAGTTGCAGCACAAACTCATGGTGGTAGAAATGAAGAGATTGTAGCCCTTCGGATGGAAGCTGAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv14s0030g00780.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ctgtactggaaagtagtcataaaaggtatgttagtaaacacagttttccttgcagGCTGCTTTAAAAGTTGCAGCACAAACTCATGGTGGTAGAAATGAAGAGATTGTAGCCCTTCGGATGGAAGCTGAG
ttttccttgc CT-rich tract
tcataaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gaagcaccataaattaggttatatcatttttatctctcttttttactgtactggaaagtagtcataaaaggtatgttagtaaacacagttttccttgcagGCTGCTTTAAAAGTTGCAGCACAAACTCATGGTGGTAGAAATGAAGAGATTGTAGCCCTTCGGATGGAAGCTGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- agcacca
- - - - - - - - - - - - - - - - tctctct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaagta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ataaaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -taaacac