1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...gaagggaaaaaaacctatacacaagtgtcctagtatggaaatttaaaccttaaaaacttctatcaggtcaaatattatgcaattccaattttcttttcagGCCAAAATGGGAAGGTGGTCAGTATGAGGGTGATGAACACTCAAGATTGGAAGCACTTCATTTAGCTGAAAAATTAGGAGCTGATTATATTGATTTTGAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv14s0030g00670.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTGAAATCATTCTAAGAAACAAGCCATTGCCAGTGATGATCGTTTATCG GCCAAAATGGGAAGGTGGTCAGTATGAGGGTGATGAACACTCAAGATTGGAEST: gi|161706744|gb|FC055084.1|FC055084
genomic: CTTGAAATCATTCTAAGAAACAAGCCATTGCCAGTGATGATCGTTTATCGgtatagctaa ... ttcttttcagGCCAAAATGGGAAGGTGGTCAGTATGAGGGTGATGAACACTCAAGATTGGA
EST: CTTGAAATCATTCTAAGAAACAAGCCATTGCCAGTGATGATCGTTTATCG GCCAAAATGGGAAGGTGGTCAGTATGAGGGTGATGAACACTCAAGATTGGA
genomic: CTTGAAATCATTCTAAGAAACAAGCCATTGCCAGTGATGATCGTTTATCGgtatagctaa ... ttcttttcagGCCAAAATGGGAAGGTGGTCAGTATGAGGGTGATGAACACTCAAGATTGGA
aaccttaaaaacttctatcaggtcaaatattatgcaattccaattttcttttcagGCCAAAATGGGAAGGTGGTCAGTATGAGGGTGATGAACACTCAAGATTGGAAGCACTTCATTTAGCTGAAAAATTAGGAGCTGATTATATTGATTTTGAG
ttccaattttcttttc CT-rich tract
aaatattatgcaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gaagggaaaaaaacctatacacaagtgtcctagtatggaaatttaaaccttaaaaacttctatcaggtcaaatattatgcaattccaattttcttttcagGCCAAAATGGGAAGGTGGTCAGTATGAGGGTGATGAACACTCAAGATTGGAAGCACTTCATTTAGCTGAAAAATTAGGAGCTGATTATATTGATTTTGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - aaaaaaa
- - - - - - - - - acacaag
- - - - - - - - - - - - - - - - -tatggaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caaatat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caattcc