Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcaaaattattaatgctctgtttggctttgcttatttctttagtatattgcttttttgaaagtagttaacatggtgtatgctattcccaaactttggcagACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCAGTGGTGGTGATTGTTTTTAACAATGGTGGTGTATATGGTGGTGATCGGAGAAACCCTGAAGAGGTTACAGGGCCTT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv14s0006g02240.t01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv14s0006g02240.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA14G38860.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
--tcaaaattattaatgctctgtttggctttgcttatttctttagtatattgcttttttgaaagtagttaacatggtgtatgctattcccaaactttggcagACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCAGTGGTGGTGATTGTTTTTAACAATGGTGGTGTATATGGTGGTGATCGGAGAAACCCTGAAGAGGTTACAGGGCCTT
   | | ||  ||     | | ||||  ||   || || ||   |  |     |  |||    ||    | |||| | | ||  | | |     ||   ||||| ||||| || |||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||  ||| || ||| |    || ||| 
tgaccatatggttccatatgtttttgctttcatttgttgctactgc-tgcaattaattttctggtttcaagcatgtt-tgtgacacttcatcttttatccagACGTTGGTTCGGTACCAGCTGCCTGTGGTCGTGATTGTTTTCAACAATGGTGGTGTATATGGTGGTGACCGTAGACGCCCAGAGGAGATAGATGGACCTC

upper sequence: Vv14s0006g02240.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA02G40550.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
tcaaaattattaatgctct-gtttggctttgcttatttctttagtatattgcttttttgaaagtagt-taacatggtgtatg-ctattcccaaactttggc--agACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCAGTGGTGGTGATTGTTTTTAACAATGGTGGTGTATATGGTGGTGATCGGAGAAACCCTGAAGAGGTTACAGGGCCTT
       | ||  |||| |  ||||   || ||  |    ||| | |  || |||   | |    || | |||   | |||  || ||  | | ||||     |||| ||||| || |||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||| |||| || ||| |    || ||| 
-----tatgtttttgctttcatttgttgttactgctgcaattaattttctgatttcaagcattccgtgtgacacattatatatctgttatctatcttttatctagACGTTGGTACGGTACCAGCTGCCTGTGGTCGTGATTGTTTTCAACAATGGTGGCGTATATGGTGGTGACCGTAGACACCCAGAGGAGATAGATGGACCTC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30252285|gb|CB969836.1|CB969836
EST:     TTGCAGTTGAAGGTGACTCTGGATTCGGTTTCAGTGCCATGGAAGTTGAG                         ACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCA
genomic: TTGCAGTTGAAGGTGACTCTGGATTCGGTTTCAGTGCCATGGAAGTTGAGgtatggaccc ... actttggcagACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCA
EST: gi|352778200|gb|FQ468862.1|FQ468862
EST:     TGGATTCGGTTTTCAGTGCCATGGAAGTTGAG                         ACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCAGTGGTGGTGATTGTTTTTAACAATGGT
genomic: TGGATTCGG-TTTCAGTGCCATGGAAGTTGAGgtatggaccc ... actttggcagACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCAGTGGTGGTGATTGTTTTTAACAATGGT
EST: gi|352764730|gb|FQ471790.1|FQ471790
EST:     TGCAG-TGAAGGGTGATTCTGGATTCGGTTTCAGTGCCATGGAAGTTGAG                         ACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCAGTGGTGGTGATTGTTTTTAACAATGGT
genomic: TGCAGTTGAA-GGTGACTCTGGATTCGGTTTCAGTGCCATGGAAGTTGAGgtatggaccc ... actttggcagACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCAGTGGTGGTGATTGTTTTTAACAATGGT
EST: gi|352773470|gb|FQ472252.1|FQ472252
EST:     TTGCAGTTGAAGGTGACTCTGGATTCGGTTTCAGTGCCATGGAAGTTGAG                         ACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCAGTGGTGGTGATTGTTTTTAACAATGGT
genomic: TTGCAGTTGAAGGTGACTCTGGATTCGGTTTCAGTGCCATGGAAGTTGAGgtatggaccc ... actttggcagACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCAGTGGTGGTGATTGTTTTTAACAATGGT
EST: gi|71889070|gb|DT038125.1|DT038125
EST:     TTGCAGTTGAAGGTGACTCTGGATTCGGTTTCAGTGCCATGGAAGTTGAG                         ACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCAGTGGTGGTGATTGTTTTTAACAATGGT
genomic: TTGCAGTTGAAGGTGACTCTGGATTCGGTTTCAGTGCCATGGAAGTTGAGgtatggaccc ... actttggcagACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCAGTGGTGGTGATTGTTTTTAACAATGGT
EST: gi|352782146|gb|FQ470048.1|FQ470048
EST:     GGTGACTCTGGATTCGGTTTCAGTGCCATGGAAGTTGAG                         ACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCAGTGGTGGTGATTGTTTTTAACAATGGT
genomic: GGTGACTCTGGATTCGGTTTCAGTGCCATGGAAGTTGAGgtatggaccc ... actttggcagACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCAGTGGTGGTGATTGTTTTTAACAATGGT
EST: gi|71870491|gb|DT019546.1|DT019546
EST:     TTGCAGTTGAAGGTGACTCTGGATTCGGTTTCAGTGCCATGGAAGTTGAG                         ACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCAGTGGTGGTGATTGTTTTTAACAATGGT
genomic: TTGCAGTTGAAGGTGACTCTGGATTCGGTTTCAGTGCCATGGAAGTTGAGgtatggaccc ... actttggcagACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCAGTGGTGGTGATTGTTTTTAACAATGGT
EST: gi|71872749|gb|DT021804.1|DT021804
EST:     TTGCAGTTGAAGGTGACTCTGGATTCGGTTTCAGTGCCATGGAAGTTGAG                         ACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCAGTGGTGGTGATTGTTTTTAACAATGGT
genomic: TTGCAGTTGAAGGTGACTCTGGATTCGGTTTCAGTGCCATGGAAGTTGAGgtatggaccc ... actttggcagACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCAGTGGTGGTGATTGTTTTTAACAATGGT
EST: gi|352764827|gb|FQ471887.1|FQ471887
EST:     GTTGAAGGTGACTCGGGATTCGGTTTCAGTGCCATGGAAGTTGAG                         ACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCAGTGGTGGTGATTGTTTTTAACAATGGT
genomic: GTTGAAGGTGACTCTGGATTCGGTTTCAGTGCCATGGAAGTTGAGgtatggaccc ... actttggcagACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCAGTGGTGGTGATTGTTTTTAACAATGGT
EST: gi|22011254|gb|BQ796288.1|BQ796288
EST:     TTGCAGTTGAAGGTGACTCTGGATTCGGTTTCAGTGCCATGGAAGTTGAG                         ACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCAGTGGTGGTGATTGTTTTTAACAATGGT
genomic: TTGCAGTTGAAGGTGACTCTGGATTCGGTTTCAGTGCCATGGAAGTTGAGgtatggaccc ... actttggcagACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCAGTGGTGGTGATTGTTTTTAACAATGGT
EST: gi|77585205|gb|DV221692.1|DV221692
EST:     TTGCAGTTGAAGGTGACTCTGGATTCGGTTTCAGTGCCATGGAAGTTGAG                         ACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCAGTGGTGGTGATTGTTTTTAACAATGGT
genomic: TTGCAGTTGAAGGTGACTCTGGATTCGGTTTCAGTGCCATGGAAGTTGAGgtatggaccc ... actttggcagACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCAGTGGTGGTGATTGTTTTTAACAATGGT
EST: gi|71881333|gb|DT030388.1|DT030388
EST:     TTGCAGTTGAAGGTGACTCTGGATTCGGTTTCAGTGCCATGGAAGTTGAG                         ACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCAGTGGTGGTGATTGTTTTTAACAATGGT
genomic: TTGCAGTTGAAGGTGACTCTGGATTCGGTTTCAGTGCCATGGAAGTTGAGgtatggaccc ... actttggcagACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCAGTGGTGGTGATTGTTTTTAACAATGGT
EST: gi|352764693|gb|FQ469768.1|FQ469768
EST:     GGATTCGGTTTCAGTGCCATGGAAGTTGAG                         ACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCAGTGGTGGTGATTGTTTTTAACAATGGT
genomic: GGATTCGGTTTCAGTGCCATGGAAGTTGAGgtatggaccc ... actttggcagACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCAGTGGTGGTGATTGTTTTTAACAATGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattgcttttttgaaagtagttaacatggtgtatgctattcccaaactttggcagACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCAGTGGTGGTGATTGTTTTTAACAATGGTGGTGTATATGGTGGTGATCGGAGAAACCCTGAAGAGGTTACAGGGCCTT
                  agttaac  putative branch site (score: 3)
      ttttttgaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tcaaaattattaatgctctgtttggctttgcttatttctttagtatattgcttttttgaaagtagttaacatggtgtatgctattcccaaactttggcagACATTGGTGCGCTACCAGTTGCCAGTGGTGGTGATTGTTTTTAACAATGGTGGTGTATATGGTGGTGATCGGAGAAACCCTGAAGAGGTTACAGGGCCTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- aaaatta
- - - - - -aatgctc
- - - - - - - - - tgtttgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaagta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttcccaa