1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...gtctttgacaagtcactaaattgccaccccccagaggtaactgagttgacctggtgcaactccaccaatggtgagtttgggttgaaaattttgaacttagGATTTGGGTTGGGTTGAGAAATCACAACCCAGCCTGAAATTTGGTTGGAGCATGGGTGGAGACCTCAGGCAACTTG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv13s0175g00210.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ttgacctggtgcaactccaccaatggtgagtttgggttgaaaattttgaacttagGATTTGGGTTGGGTTGAGAAATCACAACCCAGCCTGAAATTTGGTTGGAGCATGGGTGGAGACCTCAGGCAACTTG
agttgac putative branch site (score: 4)
aaaattttgaactta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtctttgacaagtcactaaattgccaccccccagaggtaactgagttgacctggtgcaactccaccaatggtgagtttgggttgaaaattttgaacttagGATTTGGGTTGGGTTGAGAAATCACAACCCAGCCTGAAATTTGGTTGGAGCATGGGTGGAGACCTCAGGCAACTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - -cactaaa
- - - - - - - - - - - -ccacccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggtgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggtgag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaaatt