1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tctcaaatgaaaaaaggaaaaaaaacaaacatgcacatttaattgattttggtagatttatttatgtttcttgtagcctgatgagccatgtttcttgtagCCCGATGAGCCAGTGGTTGAAGAAGAGGACGATGATGATGATGAGGATGACGAAGATGACAAGGATGAAGATGATGTTGAAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv13s0067g00710.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
attttggtagatttatttatgtttcttgtagcctgatgagccatgtttcttgtagCCCGATGAGCCAGTGGTTGAAGAAGAGGACGATGATGATGATGAGGATGACGAAGATGACAAGGATGAAGATGATGTTGAAG
gcctgat putative branch site (score: 4)
tgtttctt putative PPT
tagatttatttatgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tctcaaatgaaaaaaggaaaaaaaacaaacatgcacatttaattgattttggtagatttatttatgtttcttgtagcctgatgagccatgtttcttgtagCCCGATGAGCCAGTGGTTGAAGAAGAGGACGATGATGATGATGAGGATGACGAAGATGACAAGGATGAAGATGATGTTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - gaaaaaa
- - - - - - - - -aaaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - -catgcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agcctga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agccatg