Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttgataatttaggtattcttgtttgtatacagctttggtttcgtatcccttttgtgaattgttgttaaattttggttgatgggttggtgatgtttgcagATAGAAATTCTGGACGGTTGGGTGGGCTGAATGCGGAGAATGGTGGAGCACCCGATGCAAAAAACCTCCGGGTTAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv13s0019g04680.t01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|294963923|gb|GW836798.1|GW836798
EST:     CTATTTTCCACAGTCTCTCCTCGGCATGGGTTGCTCCTCCTCCCTTCCGG                         ATAGAAATTCTGGACGGTTGGGTGGGCTGAATGCTGAGAATGGTGGAGCAC
genomic: CTATTTTCCACCGTCTCTCCTCGACATGGGTTGCTCCTCCTCCCTTCCGGgtatgttttt ... atgtttgcagATAGAAATTCTGGACGGTTGGGTGGGCTGAATGCGGAGAATGGTGGAGCAC
EST: gi|351049141|gb|FQ449863.1|FQ449863
EST:     CTATTTTCCACCGTCTCTCCTCGACATGGGTTGCTCCTCCTCCCTTCCGG                         ATAGAAATTCTGGACGGTTGGGTGGGCTGAATGCGGAGAATGGTGGAGCAC
genomic: CTATTTTCCACCGTCTCTCCTCGACATGGGTTGCTCCTCCTCCCTTCCGGgtatgttttt ... atgtttgcagATAGAAATTCTGGACGGTTGGGTGGGCTGAATGCGGAGAATGGTGGAGCAC
EST: gi|351031329|gb|FQ445354.1|FQ445354
EST:     CTATTTTCCACCGTCTCTCCTCGACATGGGTTGCTCCTCCTCCCTTCCGG                         ATAGAAATTCTGGACGGTTGGGTGGGCTGAATGCGGAGAATGGTGGAGCAC
genomic: CTATTTTCCACCGTCTCTCCTCGACATGGGTTGCTCCTCCTCCCTTCCGGgtatgttttt ... atgtttgcagATAGAAATTCTGGACGGTTGGGTGGGCTGAATGCGGAGAATGGTGGAGCAC
EST: gi|110707796|gb|EE084605.1|EE084605
EST:     CTCCTCCTCCCTTCCGG                         ATAGAAATTCTGGACGGTTGGGTGGGCTGAATGCGGAGAATGGTGGAGCAC
genomic: CTCCTCCTCCCTTCCGGgtatgttttt ... atgtttgcagATAGAAATTCTGGACGGTTGGGTGGGCTGAATGCGGAGAATGGTGGAGCAC
EST: gi|351029650|gb|FQ427490.1|FQ427490
EST:     CTATTTTCCACCGTCTCTCCTCGACATGGGTTGCTCCTCCTCCCTTCCGG                         ATAGAAATTCTGGACGGTTGGGTGGGCTGAATGCGGAGAATGGTGGAGCAC
genomic: CTATTTTCCACCGTCTCTCCTCGACATGGGTTGCTCCTCCTCCCTTCCGGgtatgttttt ... atgtttgcagATAGAAATTCTGGACGGTTGGGTGGGCTGAATGCGGAGAATGGTGGAGCAC
EST: gi|351031354|gb|FQ445379.1|FQ445379
EST:     CTATTTTCCACCGTCTCTCCTCGACATGGGTTGCTCCTCCTCCCTTCCGG                         ATAGAAATTCTGGACGGTTGGGTGGGCTGAATGCGGAGAATGGTGGAGCAC
genomic: CTATTTTCCACCGTCTCTCCTCGACATGGGTTGCTCCTCCTCCCTTCCGGgtatgttttt ... atgtttgcagATAGAAATTCTGGACGGTTGGGTGGGCTGAATGCGGAGAATGGTGGAGCAC
EST: gi|351036602|gb|FQ457315.1|FQ457315
EST:     CTATTTTCCACCGTCTCTCCTCGACATGGGTTGCTCCTCCTCCCTTCCGG                         ATAGAAATTCTGGACGGTTGGGTGGGCTGAATGCGGAGAATGGTGGAGCAC
genomic: CTATTTTCCACCGTCTCTCCTCGACATGGGTTGCTCCTCCTCCCTTCCGGgtatgttttt ... atgtttgcagATAGAAATTCTGGACGGTTGGGTGGGCTGAATGCGGAGAATGGTGGAGCAC
EST: gi|351033397|gb|FQ462048.1|FQ462048
EST:     CTATTTTCCACCGTCTCTCCTCGACATGGGTTGCTCCTCCTCCCTTCCGG                         ATAGAAATTCTGGACGGTTGGGTGGGCTGAATGCGGAGAATGGTGGAGCAC
genomic: CTATTTTCCACCGTCTCTCCTCGACATGGGTTGCTCCTCCTCCCTTCCGGgtatgttttt ... atgtttgcagATAGAAATTCTGGACGGTTGGGTGGGCTGAATGCGGAGAATGGTGGAGCAC
EST: gi|30302011|gb|CB978805.1|CB978805
EST:     CTATTTTCCACCGTCTCTCCTCGACATGGGTTGCTCCTCCTCCCTTCCGG                         ATAGAAATTCTGGACGGTTGGGTGGGCTGAATGCGGAGAATGGTGGAGCAC
genomic: CTATTTTCCACCGTCTCTCCTCGACATGGGTTGCTCCTCCTCCCTTCCGGgtatgttttt ... atgtttgcagATAGAAATTCTGGACGGTTGGGTGGGCTGAATGCGGAGAATGGTGGAGCAC
EST: gi|349830843|gb|FQ418151.1|FQ418151
EST:     CTATTTTCCACCGTCTCTCCTCGACATGGGTTGCTCCTCCTCCCTTCCGG                         ATAGAAATTCTGGACGGTTGGGTGGGCTGAATGCGGAGAATGGTGGAGCAC
genomic: CTATTTTCCACCGTCTCTCCTCGACATGGGTTGCTCCTCCTCCCTTCCGGgtatgttttt ... atgtttgcagATAGAAATTCTGGACGGTTGGGTGGGCTGAATGCGGAGAATGGTGGAGCAC
EST: gi|351016862|gb|FQ424289.1|FQ424289
EST:     CTATTTTCCACCGTCTCTCCTCGACATGGGTTGCTCCTCCTCCCTTCCGG                         ATAGAAATTCTGGACGGTTGGGTGGGCTGAATGCGGAGAATGGTGGAGCAC
genomic: CTATTTTCCACCGTCTCTCCTCGACATGGGTTGCTCCTCCTCCCTTCCGGgtatgttttt ... atgtttgcagATAGAAATTCTGGACGGTTGGGTGGGCTGAATGCGGAGAATGGTGGAGCAC
EST: gi|110691925|gb|EE070587.1|EE070587
EST:     CTCTCCTCGACATGGGTTGCTCCTCCTCCCTTCCGG                         ATAGAAATTCTGGACGGTTGGGTGGGCTGAATGCGGAGAATGGTGGAGCAC
genomic: CTCTCCTCGACATGGGTTGCTCCTCCTCCCTTCCGGgtatgttttt ... atgtttgcagATAGAAATTCTGGACGGTTGGGTGGGCTGAATGCGGAGAATGGTGGAGCAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcccttttgtgaattgttgttaaattttggttgatgggttggtgatgtttgcagATAGAAATTCTGGACGGTTGGGTGGGCTGAATGCGGAGAATGGTGGAGCACCCGATGCAAAAAACCTCCGGGTTAAG
                             ggttgat  putative branch site (score: 5)
            aattgttgttaaattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tttgataatttaggtattcttgtttgtatacagctttggtttcgtatcccttttgtgaattgttgttaaattttggttgatgggttggtgatgtttgcagATAGAAATTCTGGACGGTTGGGTGGGCTGAATGCGGAGAATGGTGGAGCACCCGATGCAAAAAACCTCCGGGTTAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggttga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gggttgg