Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gaatgtgctcccagttttaaaatacagaattaacacaaggattgcattttttattttctgtttcatggcataataggatttcctgtattttctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGCCATTGTTGATATATATGCACTTTTAGTGAGGCGCTGCTTGCGAAATTCC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv13s0019g04330.t01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv13s0019g04330.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os10g20250.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
-gaatgtgctcccagttttaaaatacagaattaacacaaggattgcattttttattttctgtttcatggcataataggatttcctgtattttctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGCCATTGTTGATATATATGCACTTTTAGTGAGGCGCTGCTTGCGAAATTCC
   || |     || || | | ||||     || || || |||   |   ||| ||   |   |||    ||      || |  |    ||| ||  |||| ||||||||||| || | || ||||||| |||||||||||||||| || ||| |||||||||| ||||||||| | |||| ||| |  ||||| ||| | 
ttcatttatcttca-ttgtgacatacttcggtaccataaagatccaaagctttcttcagtaagtcactaaatttactaatgtggttctatttttggtccagTTACCTTGTTGCAGCAGCCATCTTGCAATGCTTGTGGAGCCTTTCACTAGCCGTTGTTGATATTTATGCACTTCTTGTGAAGCGTTCTTTGCGGAATCCA

upper sequence: Vv13s0019g04330.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA16G27190.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
-gaatgtgctcccagttttaaaatacagaattaacacaaggattgcat--tttttattttctgtttcatggcataataggatttcctgtattttctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGCCATTGTTGATATATATGCACTTTTAGTGAGGCGCTGCTTGCGAAATTCC
 | |   |    |||||    |  |    ||||   |     | ||||  | || ||||||     ||  |||||| | | |||  | |||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| | |   ||| |||||| |||||  ||||||| |||||  |||   |||||   
tgcaaaggtgatcagttcattaggattcgattaggtctccattcgcatagtcttcattttcaa---cacagcataacaagttttgttatatttcttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGGAGTTGCTGATATGTATGCCATTTTAGTAAGGCGTGGCTACAGAAATGTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110392468|gb|EC957912.1|EC957912
EST:     CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
genomic: CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatc ... tctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
EST: gi|18459141|gb|BM437419.1|BM437419
EST:     CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
genomic: CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatc ... tctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
EST: gi|22012661|gb|BQ797695.1|BQ797695
EST:     CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
genomic: CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatc ... tctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
EST: gi|30321178|gb|CD004440.1|CD004440
EST:     CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
genomic: CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatc ... tctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
EST: gi|71890446|gb|DT039501.1|DT039501
EST:     CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
genomic: CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatc ... tctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
EST: gi|32269001|gb|CD718160.1|CD718160
EST:     CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
genomic: CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatc ... tctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
EST: gi|32248058|gb|CD713877.1|CD713877
EST:     CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
genomic: CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatc ... tctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
EST: gi|22012872|gb|BQ797906.1|BQ797906
EST:     CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
genomic: CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatc ... tctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
EST: gi|110412553|gb|EC978306.1|EC978306
EST:     CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
genomic: CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatc ... tctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
EST: gi|110386673|gb|EC951289.1|EC951289
EST:     CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
genomic: CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatc ... tctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
EST: gi|30320649|gb|CD003911.1|CD003911
EST:     CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
genomic: CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatc ... tctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
EST: gi|22014253|gb|BQ799287.1|BQ799287
EST:     CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
genomic: CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatc ... tctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
EST: gi|30252183|gb|CB969734.1|CB969734
EST:     CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTTTG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
genomic: CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatc ... tctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
EST: gi|83275125|gb|DV939221.1|DV939221
EST:     CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
genomic: CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatc ... tctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
EST: gi|28968424|gb|CB347457.1|CB347457
EST:     CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC
genomic: CTGTGTGTCATGGCCACCACCAGCGATTTCCCCTCTGTCACCGCCTTCTGgtatggcatc ... tctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attttttattttctgtttcatggcataataggatttcctgtattttctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGCCATTGTTGATATATATGCACTTTTAGTGAGGCGCTGCTTGCGAAATTCC
                                 tttcctgtattttct  CT-rich tract
     ttattttct  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gaatgtgctcccagttttaaaatacagaattaacacaaggattgcattttttattttctgtttcatggcataataggatttcctgtattttctgtgccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCTTGCAAAGCTTGTGGAGCCTTTCTCTTGCCATTGTTGATATATATGCACTTTTAGTGAGGCGCTGCTTGCGAAATTCC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - gctccca
- - - - - - - - - aaaatac
- - - - - - - - - - - - - - - - acacaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatagga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttcctgt