1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gttagcgagcaaaatactgaaagatacactataattcttgttttgcttcttttggatgtattggattctcttgctttgtttcaagttccaattcaggcttaaatgtaacaaaatttgcttatagaagcatcaatttggtttagCTCATTTCAGCTTTCAACCACGGAGTTTCCGAATCAAGCCTCGGAGGGGTCTTCCCAAAGAAAAATGGGAAGAGGGAAGATCGAAATTAAGCGGATCGAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv12s0142g00360.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGTTGTTTCCACCCTTGTTTATCTACTTCTCCTAAGTTTCCTTACCAG CTCATTTCAGCTTTCAACCACGGAGTTTCCGAATCAAGCCTCGGAGGGGTCEST: gi|30298778|gb|CB975572.1|CB975572
genomic: TTGTTGTTTCCACCCTTGTTTATCTACTTCTCCTAAGTTTCCTTACCAGgttagcgagc ... tttggtttagCTCATTTCAGCTTTCAACCACGGAGTTTCCGAATCAAGCCTCGGAGGGGTC
EST: TGTTGTTTCCACCCTTGTTTATCTACTTCTCCTAAGTTTCCTTACCAG CTCATTTCAGCTTTCAACCACGGAGTTTCCGAATCAAGCCTCGGAGGGGTC
genomic: TGTTGTTTCCACCCTTGTTTATCTACTTCTCCTAAGTTTCCTTACCAGgttagcgagc ... tttggtttagCTCATTTCAGCTTTCAACCACGGAGTTTCCGAATCAAGCCTCGGAGGGGTC
caattcaggcttaaatgtaacaaaatttgcttatagaagcatcaatttggtttagCTCATTTCAGCTTTCAACCACGGAGTTTCCGAATCAAGCCTCGGAGGGGTCTTCCCAAAGAAAAATGGGAAGAGGGAAGATCGAAATTAAGCGGATCGAG
atgtaac putative branch site (score: 3)
ttaaatgtaacaaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttagcgagcaaaatactgaaagatacactataattcttgttttgcttcttttggatgtattggattctcttgctttgtttcaagttccaattcaggcttaaatgtaacaaaatttgcttatagaagcatcaatttggtttagCTCATTTCAGCTTTCAACCACGGAGTTTCCGAATCAAGCCTCGGAGGGGTCTTCCCAAAGAAAAATGGGAAGAGGGAAGATCGAAATTAAGCGGATCGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA