1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...aattagtaaagttgaagttcttgttatctcctagtatcaaataatgaaaatccgacaatttggggtggatttttttttttaaaaaatctgtggttggcagCTGGAGATTGTGTGCTAATGCGACCATCAGACTCTGATAAGCCTCCCTATGTTGCGCGTGTGGAGAAAATTGAGGCAGATCATAGGAACAATGTGAAGGT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv12s0059g01180.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAAGGACTTGGATTCTTACACCATCAAGGGCACCAACAATTTTGTTAGAG CTGGAGATTGTGTGCTAATGCGACCATCAGACTCTGATAAGCCTCCCTATGEST: gi|161714986|gb|FC062715.1|FC062715
genomic: AAAGGACTTGGATTCTTACACCATCAAGGGCACCAACAAGGTTGTTAGAGgtgaggcttc ... tggttggcagCTGGAGATTGTGTGCTAATGCGACCATCAGACTCTGATAAGCCTCCCTATG
EST: AAAGGACTTGGATTCTTACACCATCAAGGGCACCAACAAGGTTGTTAGAG CTGGAGATTGTGTGCTAATGCGACCATCAGACTCTGATAAGCCTCCCTATGEST: gi|351025186|gb|FQ433603.1|FQ433603
genomic: AAAGGACTTGGATTCTTACACCATCAAGGGCACCAACAAGGTTGTTAGAGgtgaggcttc ... tggttggcagCTGGAGATTGTGTGCTAATGCGACCATCAGACTCTGATAAGCCTCCCTATG
EST: AAAGGACTTGGATTCTTACACCATCAAGGGCACCAACAAGGTTGTTAGAG CTGGAGATTGTGTGCTAATGCGACCATCAGACTCTGATAAGCCTCCCTATG
genomic: AAAGGACTTGGATTCTTACACCATCAAGGGCACCAACAAGGTTGTTAGAGgtgaggcttc ... tggttggcagCTGGAGATTGTGTGCTAATGCGACCATCAGACTCTGATAAGCCTCCCTATG
gaaaatccgacaatttggggtggatttttttttttaaaaaatctgtggttggcagCTGGAGATTGTGTGCTAATGCGACCATCAGACTCTGATAAGCCTCCCTATGTTGCGCGTGTGGAGAAAATTGAGGCAGATCATAGGAACAATGTGAAGGT
atttttttttttaaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aattagtaaagttgaagttcttgttatctcctagtatcaaataatgaaaatccgacaatttggggtggatttttttttttaaaaaatctgtggttggcagCTGGAGATTGTGTGCTAATGCGACCATCAGACTCTGATAAGCCTCCCTATGTTGCGCGTGTGGAGAAAATTGAGGCAGATCATAGGAACAATGTGAAGGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - tctccta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -caaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaaatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggggtgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaaat