1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tggtagtttaatagaaatcgcctcaatgcttgtttataagttgccaactgtctatgctacctatgcaaacaatgatcacaaatatttctttatcgttgagTGCAGAAACAGATAATCCTTCAGGGGATGTACTCAGTGATTGAAGCCCCACGCCAGTCAGATTTAATGATAGAGCTCATCAAAAAGTTGAAGCCACAGGT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv12s0035g02060.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
aactgtctatgctacctatgcaaacaatgatcacaaatatttctttatcgttgagTGCAGAAACAGATAATCCTTCAGGGGATGTACTCAGTGATTGAAGCCCCACGCCAGTCAGATTTAATGATAGAGCTCATCAAAAAGTTGAAGCCACAGGT
tttctttatc CT-rich tract
acaaatatttctttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tggtagtttaatagaaatcgcctcaatgcttgtttataagttgccaactgtctatgctacctatgcaaacaatgatcacaaatatttctttatcgttgagTGCAGAAACAGATAATCCTTCAGGGGATGTACTCAGTGATTGAAGCCCCACGCCAGTCAGATTTAATGATAGAGCTCATCAAAAAGTTGAAGCCACAGGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - -aatagaa
- - - - - - - - - -gcctcaa
- - - - - - - - - - - - - tgcttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gccaact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cctatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaacaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcacaaa