1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tcaacggtggagagtccctgaatcgcagctgcagcaggctcttaaggaacttatccatgatacctgaatctgcattgctctgtctagagcttccttttagTGCCCTAATGGTTGAGACAGTTGAGCCTTTGACAGATGCAACCAAGCAATACCTTGCTAGTCGTTACAAAGACACAACCAAGTTTCAGGAAGAGGCGATG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv12s0035g01120.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ggaacttatccatgatacctgaatctgcattgctctgtctagagcttccttttagTGCCCTAATGGTTGAGACAGTTGAGCCTTTGACAGATGCAACCAAGCAATACCTTGCTAGTCGTTACAAAGACACAACCAAGTTTCAGGAAGAGGCGATG
cttcctttt CT-rich tract
tttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcaacggtggagagtccctgaatcgcagctgcagcaggctcttaaggaacttatccatgatacctgaatctgcattgctctgtctagagcttccttttagTGCCCTAATGGTTGAGACAGTTGAGCCTTTGACAGATGCAACCAAGCAATACCTTGCTAGTCGTTACAAAGACACAACCAAGTTTCAGGAAGAGGCGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - -ggtggag
- - - - - - - tccctga
- - - - - - - - - - - - -cagctgc
- - - - - - - - - - - - - - - - -gcaggct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - taaggaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccatgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acctgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcattg