Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...aattgcctaaaatgatgtgcaaaatgattagcttacgtcatcttgatatcaggcatagcaaagtgaaagagatgccaagtcacatgggtcaattaaaaagTTTACAAAAATTGAGTAACTACATAGTGGGCAAGCAAAGTGGGACAAGGGTTGGAGAGTTGAAGGAGCTTTCGCACATTGGTGGCAGTCTTGTCATTCAA
Basic information
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.atatcaggcatagcaaagtgaaagagatgccaagtcacatgggtcaattaaaaagTTTACAAAAATTGAGTAACTACATAGTGGGCAAGCAAAGTGGGACAAGGGTTGGAGAGTTGAAGGAGCTTTCGCACATTGGTGGCAGTCTTGTCATTCAA
tcttgat putative branch site (score: 4)
tcaattaaaaa TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
aattgcctaaaatgatgtgcaaaatgattagcttacgtcatcttgatatcaggcatagcaaagtgaaagagatgccaagtcacatgggtcaattaaaaagTTTACAAAAATTGAGTAACTACATAGTGGGCAAGCAAAGTGGGACAAGGGTTGGAGAGTTGAAGGAGCTTTCGCACATTGGTGGCAGTCTTGTCATTCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
aattgcc
- - - - aaaatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcaggca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaagaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccaagtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acatggg