1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...ccagatctgcatattctttttatattgaatattggccatgttcattgaagattctgtgtctttttttttaatggaactttttattggttgctctcctcagGAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv12s0028g00960.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGACCTTCTACTTGG GAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGEST: gi|110712808|gb|EE088180.1|EE088180
genomic: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGACCTTCTACTTGGgtactttctc ... ctctcctcagGAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG
EST: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGACCTTCTACTTGG GAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGEST: gi|349819154|gb|FQ412048.1|FQ412048
genomic: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGACCTTCTACTTGGgtactttctc ... ctctcctcagGAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG
EST: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGACCTTCTACTTGG GAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGEST: gi|349811692|gb|FQ409689.1|FQ409689
genomic: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGACCTTCTACTTGGgtactttctc ... ctctcctcagGAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG
EST: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGACCTTCTACTTGG GAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGEST: gi|351029870|gb|FQ427710.1|FQ427710
genomic: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGACCTTCTACTTGGgtactttctc ... ctctcctcagGAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG
EST: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGACCTTCTACTTGG GAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGEST: gi|351027652|gb|FQ446819.1|FQ446819
genomic: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGACCTTCTACTTGGgtactttctc ... ctctcctcagGAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG
EST: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGACCTTCTACTTGG GAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGEST: gi|349828503|gb|FQ417245.1|FQ417245
genomic: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGACCTTCTACTTGGgtactttctc ... ctctcctcagGAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG
EST: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGACCTTCTACTTGG GAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGEST: gi|349830020|gb|FQ420280.1|FQ420280
genomic: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGACCTTCTACTTGGgtactttctc ... ctctcctcagGAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG
EST: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGACCTTCTACTTGG GAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGEST: gi|294967171|gb|GW840046.1|GW840046
genomic: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGACCTTCTACTTGGgtactttctc ... ctctcctcagGAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG
EST: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGACCTTCTACTTGG GAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGACGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGEST: gi|28959461|gb|CB339731.1|CB339731
genomic: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGACCTTCTACTTGGgtactttctc ... ctctcctcagGAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG
EST: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGACCTTCTACTTGG GAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGEST: gi|349822698|gb|FQ412962.1|FQ412962
genomic: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGACCTTCTACTTGGgtactttctc ... ctctcctcagGAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG
EST: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGACCTTCTACTTGG GAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGEST: gi|349824582|gb|FQ413249.1|FQ413249
genomic: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGACCTTCTACTTGGgtactttctc ... ctctcctcagGAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG
EST: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGACCTTCTACTTGG GAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGEST: gi|349819472|gb|FQ412366.1|FQ412366
genomic: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGACCTTCTACTTGGgtactttctc ... ctctcctcagGAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG
EST: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACCCCCAGACCTTCTACTTGG GAACCCTACTTATGACTCCCGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCEST: gi|29785565|gb|CB342700.2|CB342700
genomic: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGACCTTCTACTTGGgtactttctc ... ctctcctcagGAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGC
EST: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGACCTTCTACTTGG GAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGEST: gi|351014636|gb|FQ437638.1|FQ437638
genomic: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGACCTTCTACTTGGgtactttctc ... ctctcctcagGAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG
EST: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGGCCTTCTACTTGG GAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATGEST: gi|110711026|gb|EE087755.1|EE087755
genomic: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGACCTTCTACTTGGgtactttctc ... ctctcctcagGAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG
EST: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGACCTTCTACTTGG GAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG
genomic: TGATAGGTGCGGTGAGGTCTGTGCTGAGTACGCCAAGACCTTCTACTTGGgtactttctc ... ctctcctcagGAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG
tgaagattctgtgtctttttttttaatggaactttttattggttgctctcctcagGAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG
ttttaat putative branch site (score: 3)
ttgctctcctc putative PPT
tctttttttttaatgg TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ccagatctgcatattctttttatattgaatattggccatgttcattgaagattctgtgtctttttttttaatggaactttttattggttgctctcctcagGAACCCTACTTATGACTCCAGAGCGGCGGAGAGCTGTATGGGCAATTTATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - ctgcata
- - - - - - - - - - - - - - - - - -ccatgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatggaa