1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...ttttgtatattcattttcatctgcttcctaaacattcaccttcccctactattacagtgaaatttgctaactcattttgctgttgattgctaattgccagATGATCCGTATGGTGGTCCACCACAGCAGTGGCAACACAATGTCCCTCCACCTGCAGATCATGCTGTCACAGTGTTTCCAAAGCCCTCTCCTCCACCAGG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv11s0016g03880.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAGAGATCACAGACAGGACTACTATGTGCCGCCGCCGCCGGGCCCGAAAA ATGATCCGTATGGTGGTCCACCACAGCAGTGGCAACACAATGTCCCTCCACEST: gi|71882389|gb|DT031444.1|DT031444
genomic: GAGAGATCACAGACAGGACTACTATGTGCCGCCGCCGCCGGGCCCGAAAAgtgaggcatt ... taattgccagATGATCCGTATGGTGGTCCACCACAGCAGTGGCAACACAATGTCCCTCCAC
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ctactattacagtgaaatttgctaactcattttgctgttgattgctaattgccagATGATCCGTATGGTGGTCCACCACAGCAGTGGCAACACAATGTCCCTCCACCTGCAGATCATGCTGTCACAGTGTTTCCAAAGCCCTCTCCTCCACCAGG
tgaaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttttgtatattcattttcatctgcttcctaaacattcaccttcccctactattacagtgaaatttgctaactcattttgctgttgattgctaattgccagATGATCCGTATGGTGGTCCACCACAGCAGTGGCAACACAATGTCCCTCCACCTGCAGATCATGCTGTCACAGTGTTTCCAAAGCCCTCTCCTCCACCAGG
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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
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- - - - - - - - -catctgc
- - - - - - - - - - - - - - - - cattcac
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