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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttggaatccgcagtaccaattttattctggggtttctttcttttgttccaattgtgttattcggttcgatttctttggtttttcttttctgtctatttgattgtaaactggactttaatttgtgtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTAGAAATGAAGATCGAAGATTTGGATGATGTTGAATCTGATGGGAAGGAGA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0016g02890.t01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|156735982|gb|EV240103.1|EV240103
EST:     TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAG                         GTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
genomic: TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAGgtttggaatc ... gtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
EST: gi|351032518|gb|FQ458883.1|FQ458883
EST:     TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAA-TT--T---G                         GTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
genomic: TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAGgtttggaatc ... gtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
EST: gi|161719492|gb|FC067690.1|FC067690
EST:     TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAG                         GTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGATTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
genomic: TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAGgtttggaatc ... gtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
EST: gi|352791385|gb|FQ480964.1|FQ480964
EST:     TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAA-TT--T---G                         GTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
genomic: TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAGgtttggaatc ... gtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
EST: gi|351034943|gb|FQ458300.1|FQ458300
EST:     TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAA-TT--T---G                         GTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
genomic: TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAGgtttggaatc ... gtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
EST: gi|349809160|gb|FQ398901.1|FQ398901
EST:     TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAG                         GTTGTTGGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
genomic: TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAGgtttggaatc ... gtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
EST: gi|352791479|gb|FQ481058.1|FQ481058
EST:     TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAA-TT--T---G                         GTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
genomic: TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAGgtttggaatc ... gtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
EST: gi|351039844|gb|FQ464882.1|FQ464882
EST:     TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAA-TT--T---G                         GTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
genomic: TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAGgtttggaatc ... gtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
EST: gi|71865054|gb|DT014109.1|DT014109
EST:     TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAA-TT--T---G                         GTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
genomic: TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAGgtttggaatc ... gtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
EST: gi|110379170|gb|EC944349.1|EC944349
EST:     TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAG                         GTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGATTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
genomic: TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAGgtttggaatc ... gtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
EST: gi|71876810|gb|DT025865.1|DT025865
EST:     TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAG                         GTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGATTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
genomic: TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAGgtttggaatc ... gtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
EST: gi|351044066|gb|FQ452739.1|FQ452739
EST:     TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAA-TT--T---G                         GTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
genomic: TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAGgtttggaatc ... gtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
EST: gi|110388085|gb|EC952801.1|EC952801
EST:     TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAA-TT--T---G                         GTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGATTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
genomic: TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAGgtttggaatc ... gtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
EST: gi|351037982|gb|FQ465220.1|FQ465220
EST:     TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAA-TT--T---G                         GTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
genomic: TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAGgtttggaatc ... gtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
EST: gi|351052950|gb|FQ453937.1|FQ453937
EST:     TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAA-TT--T---G                         GTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
genomic: TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAGgtttggaatc ... gtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
EST: gi|349819705|gb|FQ402642.1|FQ402642
EST:     TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAA-TT--T---G                         GTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
genomic: TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAGgtttggaatc ... gtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
EST: gi|351037230|gb|FQ457063.1|FQ457063
EST:     TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAA-TT--T---G                         GTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
genomic: TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAGgtttggaatc ... gtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
EST: gi|351038655|gb|FQ464521.1|FQ464521
EST:     TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAA-TT--T---G                         GTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
genomic: TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAGgtttggaatc ... gtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
EST: gi|351056738|gb|FQ443365.1|FQ443365
EST:     TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAA-TT--T---G                         GTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
genomic: TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAGgtttggaatc ... gtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
EST: gi|351041750|gb|FQ455960.1|FQ455960
EST:     TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAA-TT--T---G                         GTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
genomic: TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAGgtttggaatc ... gtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
EST: gi|351041720|gb|FQ455930.1|FQ455930
EST:     TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAA-TT--T---G                         GTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
genomic: TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAGgtttggaatc ... gtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
EST: gi|30304523|gb|CB981317.1|CB981317
EST:     TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAA-TT--T---G                         GTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGATTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
genomic: TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAGgtttggaatc ... gtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
EST: gi|351038816|gb|FQ464682.1|FQ464682
EST:     TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAA-TT--T---G                         GTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
genomic: TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAGgtttggaatc ... gtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
EST: gi|349818207|gb|FQ408982.1|FQ408982
EST:     TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAG                         GTTGTTGGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
genomic: TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAGgtttggaatc ... gtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
EST: gi|349823003|gb|FQ399982.1|FQ399982
EST:     TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAG                         GTTGTTGGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
genomic: TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAGgtttggaatc ... gtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
EST: gi|351037592|gb|FQ462575.1|FQ462575
EST:     TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAA-TT--T---G                         GTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
genomic: TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAGgtttggaatc ... gtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
EST: gi|349822165|gb|FQ412429.1|FQ412429
EST:     TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAG                         GTTGTTGGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
genomic: TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAGgtttggaatc ... gtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
EST: gi|110689256|gb|EE065319.1|EE065319
EST:     TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAA-TT--T---G                         GTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGATTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA
genomic: TCCATTTTCTCTGCTTTCGTTTGGTGTAATTTTCGTACAATTTGGTAAAGgtttggaatc ... gtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttttcttttctgtctatttgattgtaaactggactttaatttgtgtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTAGAAATGAAGATCGAAGATTTGGATGATGTTGAATCTGATGGGAAGGAGA
                                  ctttaat  putative branch site (score: 4)
                                   tttaatttgtgtaata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttggaatccgcagtaccaattttattctggggtttctttcttttgttccaattgtgttattcggttcgatttctttggtttttcttttctgtctatttgattgtaaactggactttaatttgtgtaatatcagGTTGTTAGGGTTTGGATTGATCAGGGTTGGTCTTAGGGTTTCGAATATTTAGAAATGAAGATCGAAGATTTGGATGATGTTGAATCTGATGGGAAGGAGA

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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGAGA