Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...acaaataatatttttactttgccctgtctggattatgcctgccctcactttgtttacatgttgctgtcacattactgtatccattctggaaacaaaacagAGAGGATCTGAATCAGCTAAATATTCAAAGGTTGGGCAGCCAAAGGATGAGGAAGAAGGTTTGGATGAGGTAGATGAGGAGGAGCATGGAGATACCTTGT
Basic information
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: Vv11s0016g01630.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA17G05940.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
-acaaataatatttttactt-tgccctgtctggattatgcctgccctcactttgtttacatgttgctgtcacattactgtatccattctggaaacaaaacagAGAGGATCTGAATCAGCTAAATATTCAAAGGTTGGGCAGCCAAAGGATGAGGAAGAAGGTTTGGATGAGGTAGATGAGGAGGAGCATGGAGATACCTTGT---
| || | || || | |||| || | ||| || |||||| | ||||| ||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||||||| || |||||||||| || | || |||||||| | ||||||| | |||||| |||||||||| || |||||||
cttgcttcttacgaagagttgtggtgccacatacttataattgtattt-cttctttgacatgtcatttctgcattattgtttccttattggaa-caaaacagCGAGGATCTGAATCAGGGAAGTATTCAAAGGAAACAAAG---GACGAGGAGGAAGAGGTACTGGATGAAGAAGATGACGAGGAGCATGAGGAGACCTTGTGTG atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.cactttgtttacatgttgctgtcacattactgtatccattctggaaacaaaacagAGAGGATCTGAATCAGCTAAATATTCAAAGGTTGGGCAGCCAAAGGATGAGGAAGAAGGTTTGGATGAGGTAGATGAGGAGGAGCATGGAGATACCTTGT
ccctcac putative branch site (score: 3)
aaacaaaa TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
acaaataatatttttactttgccctgtctggattatgcctgccctcactttgtttacatgttgctgtcacattactgtatccattctggaaacaaaacagAGAGGATCTGAATCAGCTAAATATTCAAAGGTTGGGCAGCCAAAGGATGAGGAAGAAGGTTTGGATGAGGTAGATGAGGAGGAGCATGGAGATACCTTGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
-caaataa
- - - - - - - - - - -ccctgtc
- - - - - - - - - - - - - - - - -tatgcct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acatgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgtcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccattct