Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtggtaaccatcatcttcttctctgtctcttttgcaaatatgaaacagttttttatactacatatgtttctatgtttgtgtttgtgcagCTTGGGATGGGAAGTGCAGTGGAGACACTGTGTGGACAAGCCTATGGTGCCCACAAGTTTGACATGCTAGGAGTATATCTACAAAGATCGACCATCCTCC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv10s0116g01860.t01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|352778088|gb|FQ467141.1|FQ467141
EST:     CCTCGGCCCTTGGCAACAATGGAATCCAAGTTTTTTCCTATGGACTAATG                         CTTGGGATGGGAAGTGCAGTGGAGACACTGTGTGGACAAGCCTATGGTGCC
genomic: CCTCGGCCCTTGGCAACAATGGAATCCAAGTTTTTTCCTATGGACTAATGgtaagtggta ... gtttgtgcagCTTGGGATGGGAAGTGCAGTGGAGACACTGTGTGGACAAGCCTATGGTGCC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caaatatgaaacagttttttatactacatatgtttctatgtttgtgtttgtgcagCTTGGGATGGGAAGTGCAGTGGAGACACTGTGTGGACAAGCCTATGGTGCCCACAAGTTTGACATGCTAGGAGTATATCTACAAAGATCGACCATCCTCC
              ttttttatactacata  TA-rich tract