Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttgttgccttcttctctcatgctatcttctttcttcttcttctttattattgttgttgttgatgtctcttcctcactttttgtttggacagTGGCCGCTTTGATGGCAATGAAGAATAAGATGAATGATGAGTCGAATGTGCTTGATGGGTGGGATATTAACTCTGTTGATCCCTGTACTTGGAACATGGT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv10s0003g01490.t01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv10s0003g01490.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA13G30050.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
----gttgttgccttcttct-ctcatgctatcttctttcttcttcttctttattattgttgttgttgatgtctcttcctcactttttgtttg--gacagTGGCCGCTTTGATGGCAATGAAGAATAAGATGAATGATGAGTCGAATGTGCTTGATGGGTGGGATATTAACTCTGTTGATCCCTGTACTTGGAACATGGT
    | |||| | | ||| | ||  |  | || |||||||   | |  |||  | | | | |   |||    |  |  |   | || | |||    ||||||||||||||||| | ||||||| ||| ||||||||||||| | ||||  | ||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||
gtttggtgtttcttccttttgcttgttttctcgtctttctagctttgttttggtttcggtttcagtgagagattgttgttgttgttgggttgttatcagTGGCCGCTTTGATGTCCATGAAGAGTAAAATGAATGATGAGTTGCATGTCATGGATGGTTGGGATATTAATTCGGTTGATCCTTGTACTTGGAACATGGT

upper sequence: Vv10s0003g01490.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA15G09100.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
gttgttgccttcttctctcatgctatcttctttcttcttcttctttattattgttgttgttgatgtctcttcctcactttttgtttggacagTGGCCGCTTTGATGGCAATGAAGAATAAGATGAATGATGAGTCGAATGTGCTTG------ATGGGTGGGATATTAACTCTGTTGATCCCTGTACTTGGAACATGGT
||| | |  ||  |  ||  ||||   ||||    | ||   || | ||   ||    | |  |   | ||  |   || || |     ||||||| ||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||||   |||| | ||      |||| ||||||||||| || ||||| || ||||||||| |      
gtt-tggtgtttcttccttttgcttgtttctcatctttttagctctgtttcagtgagagattgttgttgttgttgggttgttat-----cagTGGCTGCTTTGATGTCCATGAAGAGTAAGACGAATGATGAGTTCCATGTCCATGTCATGGATGGTTGGGATATTAATTCGGTTGACCCTTGTACTTGGGA------

upper sequence: Vv10s0003g01490.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
lower sequence: AT5G45780.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
gttgttgccttcttctctcatgctatcttctttcttcttcttctttattattgttgttgttgatgtctcttcctcactttttgtttgg-acagTGGCCGCTTTGATGGCAATGAAGAATAAGATGAATGATGAGTCGAATGTGCTTGATGGGTGGGATATTAACTCTGTTGATCCCTGTACTTGGAACATGGT
                   |   ||||     ||||  | || ||   ||     ||| ||||    |  |||  | |||| | ||     |||||| || || ||| || ||||||| |||||||| ||||||    | ||  |   ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
-------------gtgaaaaaagtatcaaagatctttcttttattgtgtaaaaaggtt-ttgac--ttaatccatatttttgggttattgtagTGGCTGCGTTAATGTCAGTGAAGAACAAGATGAAAGATGAGAAAGAGGTTTTGTCTGGTTGGGATATTAACTCTGTTGATCCTTGTACTTGGAACATGGT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|38516696|gb|CF983871.1|CF983871
EST:     GGGTGGAGCCTCCATTAGTCTTCTCTCTCCCAAGGGGGTTAACTATGAAG                         TGGCCGCTTTGATGGCAATGAAGAATAAGATGAATGATGAGTCGAATGTGC
genomic: GGGTGGAGCCTCCATTAGTCTTCTCTCTCCCAAGGGGGTTAACTATGAAGgttgttgcct ... gtttggacagTGGCCGCTTTGATGGCAATGAAGAATAAGATGAATGATGAGTCGAATGTGC
EST: gi|110713153|gb|EE088826.1|EE088826
EST:     GGGTGGAGCCTCCATTAGTCTTCTCTCTCCCAAGGGGGTTAACTATGAAG                         TGGCCGCTTTGATGGCAATGAAGAATAAGATGAATGATGAGTCGAATGTGC
genomic: GGGTGGAGCCTCCATTAGTCTTCTCTCTCCCAAGGGGGTTAACTATGAAGgttgttgcct ... gtttggacagTGGCCGCTTTGATGGCAATGAAGAATAAGATGAATGATGAGTCGAATGTGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttcttctttattattgttgttgttgatgtctcttcctcactttttgtttggacagTGGCCGCTTTGATGGCAATGAAGAATAAGATGAATGATGAGTCGAATGTGCTTGATGGGTGGGATATTAACTCTGTTGATCCCTGTACTTGGAACATGGT
                                 tcctcac  putative branch site (score: 2)
                          tgtctcttcctcactt  CT-rich tract
      tttattattgttgtt  TA-rich tract