1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtaagggtctcctacttgtcctcattgtaatttttggacttccctgttattgcttggttgtattagatttttcctttttcgtttgttcttttaacatccatcttgatcttgcagGGTTTGAGATCTCTCTTTGTGGGAAGGAACTTCGTGCTGGTATGGGTTTGGTTGCTGCTGCTGAAGCCTTTGAAGCACAGCGCATCTCTGAGGAGGAATT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv08s0040g02800.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AACTCAGGCAACAATATCTTGTGAAGGGATACAAACAGATTCAAGCATAA GGTTTGAGATCTCTCTTTGTGGGAAGGAACTTCGTGCTGGTATGGGTTTGGEST: gi|71860903|gb|DT009958.1|DT009958
genomic: AACTCAGGCAACAATATCTTGTGAAGGGATACAAACAGATTCAAGCATAAgtaagggtct ... gatcttgcagGGTTTGAGATCTCTCTTTGTGGGAAGGAACTTCGTGCTGGTATGGGTTTGG
EST: AACTCAGGCAACAATATCTTGTGAAGGGATACAAACAGATTCAAGCATAA GGTTTGAGATCTCTCTTTGTGGGAAGGAACTTCGTGCTGGTATGGGTTTGG
genomic: AACTCAGGCAACAATATCTTGTGAAGGGATACAAACAGATTCAAGCATAAgtaagggtct ... gatcttgcagGGTTTGAGATCTCTCTTTGTGGGAAGGAACTTCGTGCTGGTATGGGTTTGG
gtattagatttttcctttttcgtttgttcttttaacatccatcttgatcttgcagGGTTTGAGATCTCTCTTTGTGGGAAGGAACTTCGTGCTGGTATGGGTTTGGTTGCTGCTGCTGAAGCCTTTGAAGCACAGCGCATCTCTGAGGAGGAATT
ttcttttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagggtctcctacttgtcctcattgtaatttttggacttccctgttattgcttggttgtattagatttttcctttttcgtttgttcttttaacatccatcttgatcttgcagGGTTTGAGATCTCTCTTTGTGGGAAGGAACTTCGTGCTGGTATGGGTTTGGTTGCTGCTGCTGAAGCCTTTGAAGCACAGCGCATCTCTGAGGAGGAATT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA