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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tatgtcttctactatttcatttgataatagagctggtgaatgcttctaagaaatctagtgtttgttttaactgaaaactgcatgtgaatttggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAACACTCACACCCACCTCTTAATGAAAGGATTCTTTCATCCATGACCCGGAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0040g02470.t01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv08s0040g02470.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA03G33000.6 (Glycine max), 3'ss of exon 3
tatgtcttctactatttcatttgataatagag-----ctggtgaatgct-tctaagaaatctagtgtttgttttaactg----aaaactgcatgtgaatttggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCA------ACACTCACACCCACCTCTTAATGAAAGGATTCTTTCATCCATGACCCGGAG
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---agccaccgtgattttgcctggtgaggaaaataacctgagaaacaatgtttctatcatatagtgactgaaaaaactgttgtattgatgattataatttcagGTTGCAAATGTGGTTCCACCAAAGGAGACTCCAAACAGTGTTCCCATCTCTTATCATTCCTCACACTCACACCCTCCTCTTAATGAGAGGATTATTTCAT-------------

upper sequence: Vv08s0040g02470.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA19G35710.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
tatgtcttctact--atttcatttgat-aatagagctggtgaatgcttctaagaaatctagtgtttgttttaactgaaa--actgcat---gtgaatttggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAACACTCACACCCACCTCTTAATGAAAGGATTCTTTCATCCATGACCCGGAG
|  | ||  |     |  | | | ||  || |  | |  |  ||  |  | |  ||| ||||| |   |  ||  |  |  | ||  |    | | ||  | |||||    ||| |||||| |  ||||||||||| |  | |   |  ||||||||   ||||||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||       
tgcgcctggtggggaaaataactagaggaacaatgttcctatata-tggtgactaatatagtgatatctgaaaaagctattattgattattataatttcagGTTGCAAATGTGGTTCCACCAAAGGAGACTCCAAATAGTGTTTCCATTTCTCATCATTCCTCACACCCTCCCCTTAATGAGAGGATTATTTCATCCATGA-------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71889504|gb|DT038559.1|DT038559
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAGC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|30128230|gb|CB913569.1|CB913569
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAGC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|18458986|gb|BM437264.1|BM437264
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|110375226|gb|EC940190.1|EC940190
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAGC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|30124847|gb|CB910186.1|CB910186
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|71885238|gb|DT034293.1|DT034293
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAGC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|32272447|gb|CD721606.1|CD721606
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|71882429|gb|DT031484.1|DT031484
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAGC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|33406231|gb|CF211858.1|CF211858
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAGC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|110383531|gb|EC947909.1|EC947909
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAGC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|71883308|gb|DT032363.1|DT032363
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAGC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|110708943|gb|EE083969.1|EE083969
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|110717369|gb|EE093164.1|EE093164
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAGC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|71881781|gb|DT030836.1|DT030836
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAGC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|32271061|gb|CD720220.1|CD720220
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|110717373|gb|EE093175.1|EE093175
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAGC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|27584534|gb|CB007229.1|CB007229
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAGC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|110731173|gb|EE109089.1|EE109089
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|71888705|gb|DT037760.1|DT037760
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAGC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|110686108|gb|EE063413.1|EE063413
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|110725753|gb|EE102618.1|EE102618
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAGC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|110688777|gb|EE067713.1|EE067713
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAGC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|30129868|gb|CB915207.1|CB915207
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|27583109|gb|CB005804.1|CB005804
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|351025513|gb|FQ435206.1|FQ435206
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|110730667|gb|EE108007.1|EE108007
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|110703181|gb|EE079800.1|EE079800
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|32249038|gb|CD714857.1|CD714857
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|110700548|gb|EE078712.1|EE078712
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|71888253|gb|DT037308.1|DT037308
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAGC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|32271206|gb|CD720365.1|CD720365
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|110723089|gb|EE099999.1|EE099999
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAGC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
EST: gi|351012488|gb|FQ427089.1|FQ427089
EST:     CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAG                         TAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC
genomic: CCGTACTTTGGTTAAGCTTCGTGCAGGAACCAGAGGTTTGGTAATTGAAGgtgcgtgttt ... tggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctaagaaatctagtgtttgttttaactgaaaactgcatgtgaatttggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAACACTCACACCCACCTCTTAATGAAAGGATTCTTTCATCCATGACCCGGAG
                   ttttaac  putative branch site (score: 2)
               tttgttttaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tatgtcttctactatttcatttgataatagagctggtgaatgcttctaagaaatctagtgtttgttttaactgaaaactgcatgtgaatttggcttgcagTAATGGCTCCACCTATTGAGACTCCAAACAAAGCTCTTAACTCTCATCAACACTCACACCCACCTCTTAATGAAAGGATTCTTTCATCCATGACCCGGAG

- - -cttctac
- - - - - - - - - - - - - - -gagctgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aagaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgaaaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgtga