Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...ccactgtggaatccttgcataatcactgtagtttatcataatcagctaggcatactttctagaaacagcttgtgaacacacaccatttgcttagtttcagGGATGGAGGTTAAGCACCCAGTATCAGCGGAGACAGCCCATGCAATGGTTCGGCCTATGGACAAGAGTAGTTATGGAAACCAGGAAAAGAAGAAGCGACT
Basic information
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.ctaggcatactttctagaaacagcttgtgaacacacaccatttgcttagtttcagGGATGGAGGTTAAGCACCCAGTATCAGCGGAGACAGCCCATGCAATGGTTCGGCCTATGGACAAGAGTAGTTATGGAAACCAGGAAAAGAAGAAGCGACT
tttgctt CT-rich tract
atacttt TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
ccactgtggaatccttgcataatcactgtagtttatcataatcagctaggcatactttctagaaacagcttgtgaacacacaccatttgcttagtttcagGGATGGAGGTTAAGCACCCAGTATCAGCGGAGACAGCCCATGCAATGGTTCGGCCTATGGACAAGAGTAGTTATGGAAACCAGGAAAAGAAGAAGCGACT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
ccactgt
- - - - - - ccttgca
- - - - - - - - - - - -cactgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctaggca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acacaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catttgc