Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...atcactactaaacaaactctaattcatattgctttgcatccattgcaatgctacaatcactataaactaatgatcaagcttgggttgtgttttatggcagTATGTGGAAGATTCCATGCCAATGCATTTCTCTATGCGCTACAACAAGGCTAATAAGACAGCAAGGCAGATCTTCACAGAGAAGCACGAAGAGCTAGTAA
Basic information
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.caatgctacaatcactataaactaatgatcaagcttgggttgtgttttatggcagTATGTGGAAGATTCCATGCCAATGCATTTCTCTATGCGCTACAACAAGGCTAATAAGACAGCAAGGCAGATCTTCACAGAGAAGCACGAAGAGCTAGTAA
aactaat putative branch site (score: 2)
tataaactaatgat TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
atcactactaaacaaactctaattcatattgctttgcatccattgcaatgctacaatcactataaactaatgatcaagcttgggttgtgttttatggcagTATGTGGAAGATTCCATGCCAATGCATTTCTCTATGCGCTACAACAAGGCTAATAAGACAGCAAGGCAGATCTTCACAGAGAAGCACGAAGAGCTAGTAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - -aaacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - -gcatcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caatcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaactaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcaagct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gggttgt