1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...tactttgggatgctctgttggcgttgccttttttataatactcttttgctttacctatccaaaaacataaaaaagactgttgccacaatgtttcttacagGACCTTGGAGATGGTTTGATGAAACTATGCTCGACTGCTGTGAACCTTTGGAAAAAGTTAAAGCTGATGGTATCTCATTTGGGAAGCTTGTCTGTTTGGC
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv07s0005g03760.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ttgctttacctatccaaaaacataaaaaagactgttgccacaatgtttcttacagGACCTTGGAGATGGTTTGATGAAACTATGCTCGACTGCTGTGAACCTTTGGAAAAAGTTAAAGCTGATGGTATCTCATTTGGGAAGCTTGTCTGTTTGGC
tgtttctt CT-rich tract
aaaaacataaaaaaga TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tactttgggatgctctgttggcgttgccttttttataatactcttttgctttacctatccaaaaacataaaaaagactgttgccacaatgtttcttacagGACCTTGGAGATGGTTTGATGAAACTATGCTCGACTGCTGTGAACCTTTGGAAAAAGTTAAAGCTGATGGTATCTCATTTGGGAAGCTTGTCTGTTTGGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - -ggatgct
- - - - - - - -tgttggc
- - - - - - - - - - - - tgccttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -taaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gccacaa