Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattgcatttgaccttttgtttttgttataagtcatttagttaatatttagtgtgtgcatttttttttcaaattttttttttattttaactatacatacacttttattctattgcaatgcattaattttcttcatgacatgtggtgtttgtttctcttgttggctgcagaagATGATCCTGATGATGCAGATTTTGAACCTGATTATGGTGTCACTAGCAGCAGAACTGCCAACAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0009g03750.t01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv06s0009g03750.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA14G03780.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
gtaattgcatttgaccttttgtttttgttataagtcatttagttaatatttagtgtgtgcatttttttttcaaattttttttttattttaactatacatacacttttattctattgcaatgcattaattttcttcatgacatgtggtgtttgtttctcttgttggctgcagaagATGATCCTGATGATGCAGATTTTGAACCTGATTATGGTGTCACTAGCAGCAGAACTGCCAACAAG
     |   ||  || |||| ||||| | | |  |  |||  | | |||  |||   ||| |||   ||   |  |  |||||     | | ||   |     | | |||  | || |  ||||   |  | ||         |  ||||    ||          ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |          ||| ||  |     |||  ||||||
----gtatgttgaacattttatttttataa-agattgtttcttaagtatggagtac-tgcttttaaatt---agctaatttttagcccttattaccta---gttctgatt--agtgaagagcatctgtgattttt--------taatgttaacatcg---------tgcagAAGATGATCCTGATGATGCAGATTTTGAGCCCG---------CCACAAGTGGTCATGCTGGAAACAAG

upper sequence: Vv06s0009g03750.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA02G45000.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
gtaattgcatttgaccttttgtttttgttataagtcatttagttaatatttagtgtgtgcatttttttttcaaattttttttttattttaactatacatacacttttattctattgcaatgcattaattttcttcatgacatgtggtg-tttgtttctcttgttggc-tgcagaagATGATCCTGATGATGCAGATTTTGAACCTGATTATGGTGTCACTAGCAGCAGAACTGCCAACAAG
                       | ||||  |   | |||  || ||||  ||  |||    ||   | |  | |  |  |||||  ||| |||     |   ||      |||| |   |   | |||    | |||| ||   ||| ||| ||  | ||     | ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |          ||| ||  |     |||| ||||||
----------------------gtatgttgaa---cgttttatttatataaagattgttt-cttaagtatggagtactgcttttaaattagcta-----atgtttagcccttattaccgagttctgattag--tgatgaaatcctgtgattttttaatgttaacatcgtgcagAAGATGATCCTGATGATGCAGACTTTGAGCCCG---------CCACAAGTGGTCATGCTGCAAACAAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgcattaattttcttcatgacatgtggtgtttgtttctcttgttggctgcagaagATGATCCTGATGATGCAGATTTTGAACCTGATTATGGTGTCACTAGCAGCAGAACTGCCAACAAG
  cattaat  putative branch site (score: 3)
     taattttctt  TA-rich tract