Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...ataaaggaaaaaaaacttttaaggtgtggatggtctgagtatcagattcattcagttatgagcaacttttaagtgatcacatctttttttggctgctcagGGGATCTGCGGATGTGATAGATATAGTAGTGGTTCGATTAGGGACGTTCTTCGGACAATAGTGAAGAAGGATGGATACAGAGGGCTCATGAGAGGATGGA
Basic information
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: Vv06s0004g07350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA14G37790.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
ataaaggaaaaaaaacttttaaggtgtggatggtctgagtatcagattcattcagttatgagcaactt--ttaagtgatcacatctttttttggctgct-cagGGGATCTGCGGATGTGATAGATATAGTAGTGGTTCGATTAGGGACGTTCTTCGGACAATAGTGAAGAAGGATGGATACAGAGGGCTCATGAGAGGATGGA
| || | ||| | || || || | || | | |||| || || | | | | | | | |||| ||||| |||| || |||||||| | | ||||| || ||| |||||||| | || |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||
---gctttatgaatgatggtaaattagggggaatcagacagcaaattttttccccttatctttcctttccttggatagtaaattgacatggttgatgctgcagGGTGTCTGTGGTTGTGATAGGTTCAAAAGTGGATCAATTGGGGACGTTATCAAAACCATAGTGAAAAAAGATGGATACAGAGGGCTCATGCGAGGATGGAMapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|110374762|gb|EC939691.1|EC939691EST: CTCTCTTGACAACACCGCTTGATGTGGTGAAGACTCAATTACAATGCCAA GGGATCTGCGGATGTGATAGATATAGTAGTGGTTCGATTAGGGACGTTCTT
genomic: CTCTCTTGACAACACCGCTTGATGTGGTGAAGACTCAATTACAATGCCAAgtaagtaatt ... ggctgctcagGGGATCTGCGGATGTGATAGATATAGTAGTGGTTCGATTAGGGACGTTCTT
EST:
gi|110428608|gb|EC995085.1|EC995085EST: CTCTCTTGACAACACCGCTTGATGTGGTGAAGACTCAATTACAATGCCAA GGGATCTGCGGATGTGATAGATATAGTAGTGGTTCGATTAGGGACGTTCTT
genomic: CTCTCTTGACAACACCGCTTGATGTGGTGAAGACTCAATTACAATGCCAAgtaagtaatt ... ggctgctcagGGGATCTGCGGATGTGATAGATATAGTAGTGGTTCGATTAGGGACGTTCTT
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.attcattcagttatgagcaacttttaagtgatcacatctttttttggctgctcagGGGATCTGCGGATGTGATAGATATAGTAGTGGTTCGATTAGGGACGTTCTTCGGACAATAGTGAAGAAGGATGGATACAGAGGGCTCATGAGAGGATGGA
tctttttttg CT-rich tract
atcttttttt TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
ataaaggaaaaaaaacttttaaggtgtggatggtctgagtatcagattcattcagttatgagcaacttttaagtgatcacatctttttttggctgctcagGGGATCTGCGGATGTGATAGATATAGTAGTGGTTCGATTAGGGACGTTCTTCGGACAATAGTGAAGAAGGATGGATACAGAGGGCTCATGAGAGGATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
-taaagga
- - - -aaaaaaa
- - - - - - - - - - - ggtgtgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cattcag