Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...ccatctggattgttgagcatgaccatttctttttcctctttatattattttgggcattggttatctcaaagtttgagctttctatggaacaatcatgcagCTCATTCTGAGACAACTGTGGCAAGGATGCTGGTGGGCAACAAGAGTGATTTGGAGAACATCAGGGATGTGAGTGTGGAAGAGGGCAAGAGCCTTGCTGA
Basic information
Mapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|351026211|gb|FQ428223.1|FQ428223EST: CCGCCGCTCCACCTTTGATAGTGTTGCTCGGTGGCTCGATGAGCTCAAGA CTCATTCTGAGACAACTGTGGCAAGGATGCTGGTGGGCAACAAGAGTGATT
genomic: CCGCCGCTCCACCTTTGATAGTGTTGCTCGGTGGCTCGATGAGCTCAAGAgtaagttttc ... aatcatgcagCTCATTCTGAGACAACTGTGGCAAGGATGCTGGTGGGCAACAAGAGTGATT
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.tattttgggcattggttatctcaaagtttgagctttctatggaacaatcatgcagCTCATTCTGAGACAACTGTGGCAAGGATGCTGGTGGGCAACAAGAGTGATTTGGAGAACATCAGGGATGTGAGTGTGGAAGAGGGCAAGAGCCTTGCTGA
aaagttt TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
ccatctggattgttgagcatgaccatttctttttcctctttatattattttgggcattggttatctcaaagtttgagctttctatggaacaatcatgcagCTCATTCTGAGACAACTGTGGCAAGGATGCTGGTGGGCAACAAGAGTGATTTGGAGAACATCAGGGATGTGAGTGTGGAAGAGGGCAAGAGCCTTGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
ccatctg
- - - - - - - gagcatg
- - - - - - - - - - - ccatttc
- - - - - - - - - - - - - - - - ttcctct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttttggg