Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...gaccaatcatactgcatgatcatgattctattgattagtatatttgatattgtctaaaccttacgctcattctaagaataattgttaatgcctctttcagATGGCCACCATTTGTGCAGTCTTGAGAACTTCCGGAGCAGAACAAGAGAGGGCAACAAAAGAAGCGATGGAACTGCTGAAAATCTTAGAAGAGCAAGGTC
Basic information
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.gatattgtctaaaccttacgctcattctaagaataattgttaatgcctctttcagATGGCCACCATTTGTGCAGTCTTGAGAACTTCCGGAGCAGAACAAGAGAGGGCAACAAAAGAAGCGATGGAACTGCTGAAAATCTTAGAAGAGCAAGGTC
tgttaat putative branch site (score: 3)
tgcctctttc CT-rich tract
attctaagaataattg TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gaccaatcatactgcatgatcatgattctattgattagtatatttgatattgtctaaaccttacgctcattctaagaataattgttaatgcctctttcagATGGCCACCATTTGTGCAGTCTTGAGAACTTCCGGAGCAGAACAAGAGAGGGCAACAAAAGAAGCGATGGAACTGCTGAAAATCTTAGAAGAGCAAGGTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- ccaatca
- - - - - - - catgatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctaaacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aagaata