1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...gagaaatttgaactgaaattagatgaacgtaagaagaattcgaatggggttgtggctattgataactttatggaggaagttaatttacgcttaaattcagTAAAGCCAAGTGTTTGTAGTAATTCAGAGGGTCCTAAGCTTGGGCAAAATGCAGATTCAAATGTGAAGTTTCGGGGTGGCAGTCGGGTTACTGATGGAGG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv05s0049g01390.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ggggttgtggctattgataactttatggaggaagttaatttacgcttaaattcagTAAAGCCAAGTGTTTGTAGTAATTCAGAGGGTCCTAAGCTTGGGCAAAATGCAGATTCAAATGTGAAGTTTCGGGGTGGCAGTCGGGTTACTGATGGAGG
tattgataactttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gagaaatttgaactgaaattagatgaacgtaagaagaattcgaatggggttgtggctattgataactttatggaggaagttaatttacgcttaaattcagTAAAGCCAAGTGTTTGTAGTAATTCAGAGGGTCCTAAGCTTGGGCAAAATGCAGATTCAAATGTGAAGTTTCGGGGTGGCAGTCGGGTTACTGATGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
-agaaatt
- - - - - - - gaaatta
- - - - - - - - - - - - - - - -agaagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggggttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggctat