1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...ttaactaacgcccatgtgcttctccatcaggtcatgctccttcttagctgtcctcacaattttgggccacttcccttctaatggttcaattcttatgcagGATCAGGAAAAGGGAAGCCTGACTACCTTGCTACAGTGGATGTAGATCCAAGCTCACCTTCTTATTCAAAAGTTATCCACCGGCTTCCTGTACCTTATTT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv05s0029g00240.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CATGTCTGGTCCCAGAGAATCTCTTCTTTATGTCACTTGCATCTATACAG GATCAGGAAAAGGGAAGCCTGACTACCTTGCTACAGTGGATGTAGATCCAAEST: gi|27755122|gb|CB035877.1|CB035877
genomic: CATGTCTGGTCCCAGAGAATCTCTTCTTTATGTCACTTGCATCTATACAGgtatatgcca ... tcttatgcagGATCAGGAAAAGGGAAGCCTGACTACCTTGCTACAGTGGATGTAGATCCAA
EST: CATGTCTGGTCCCAGAGAATCTCTTCTTTATGTCACTTGCATCTATACAG GATCAGGAAAAGGGAAGCCTGACTACCTTGCTACAGTGGATGTAGATCCAAEST: gi|161716242|gb|FC066505.1|FC066505
genomic: CATGTCTGGTCCCAGAGAATCTCTTCTTTATGTCACTTGCATCTATACAGgtatatgcca ... tcttatgcagGATCAGGAAAAGGGAAGCCTGACTACCTTGCTACAGTGGATGTAGATCCAA
EST: CATGTCTGGTCCCAGAGAATCTCTTCTTTATGTCACTTGCATCTATACAG GATCAGGAAAAGGGAAGCCTGACTACCTTGCTACAGTGGATGTAGATCCAAEST: gi|161721033|gb|FC069642.1|FC069642
genomic: CATGTCTGGTCCCAGAGAATCTCTTCTTTATGTCACTTGCATCTATACAGgtatatgcca ... tcttatgcagGATCAGGAAAAGGGAAGCCTGACTACCTTGCTACAGTGGATGTAGATCCAA
EST: CATGTCTGGTCCCAGAGAATCTCTTCTTTATGTCACTTGCATCTATACAG GATCAGGAAAAGGGAAGCCTGACTACCTTGCTACAGTGGATGTAGATCCAAEST: gi|161719235|gb|FC069374.1|FC069374
genomic: CATGTCTGGTCCCAGAGAATCTCTTCTTTATGTCACTTGCATCTATACAGgtatatgcca ... tcttatgcagGATCAGGAAAAGGGAAGCCTGACTACCTTGCTACAGTGGATGTAGATCCAA
EST: CATGTCTGGTCCCAGAGAATCTCTTCTTTATGTCACTTGCATCTATACAG GATCAGGAAAAGGGAAGCCTGACTACCTTGCTACAGTGGATGTAGATCCAA
genomic: CATGTCTGGTCCCAGAGAATCTCTTCTTTATGTCACTTGCATCTATACAGgtatatgcca ... tcttatgcagGATCAGGAAAAGGGAAGCCTGACTACCTTGCTACAGTGGATGTAGATCCAA
agctgtcctcacaattttgggccacttcccttctaatggttcaattcttatgcagGATCAGGAAAAGGGAAGCCTGACTACCTTGCTACAGTGGATGTAGATCCAAGCTCACCTTCTTATTCAAAAGTTATCCACCGGCTTCCTGTACCTTATTT
ttctaat putative branch site (score: 2)
ttcttat putative PPT
aattcttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttaactaacgcccatgtgcttctccatcaggtcatgctccttcttagctgtcctcacaattttgggccacttcccttctaatggttcaattcttatgcagGATCAGGAAAAGGGAAGCCTGACTACCTTGCTACAGTGGATGTAGATCCAAGCTCACCTTCTTATTCAAAAGTTATCCACCGGCTTCCTGTACCTTATTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- aactaac
- - - - - cccatgt
- - - - - - - - - cttctcc
- - - - - - - - - - - - - - -ggtcatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - ctccttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cctcaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttttggg