Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttctgaggtatggcatggggcttttactgtgaattattggacatgttccagtgtagtatagctgagttttaatgcttgtaaaacttttgtcatatgcagATATGATTGAAGAATTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCACTTTACATACGAAGTTGGGCTTGTGGACAAGTTTCCCCCTGTACCCTTGCT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0020g03470.t01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv05s0020g03470.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA10G39330.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
tttctgaggtatggcatggggcttttactgtgaattattggacatgttccagtgtagtatagctgagttt-taatgcttgtaaaacttttgtcatatgcagATATGATTGAAGAATTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCACTTTACATACGAAGTTGGGCTTGTGGACAAGTTTCCCCCTGTACCCTTGCT
  | |     || |          ||| | | |||| |  ||    |     |||  |  ||||||   | |  || ||||   | ||      | |  ||||||||||||||| ||  |||  |  || || ||  ||||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| || ||||| |||||| |
-gtatagtcaatagtgataattaattaatttcaattctctgaatattgattctgtgcttcagctgaaaatgttgtgtttgtgtgaatt-----gtttatagATATGATTGAAGAGTTGATCAGCAAAGGGCAGCAGCTTGATGCGGTTCACTTTACATATGAAGTGGGTCTTGTGGAAAAGTTCCCTCCTGTTCCCTTGTT

upper sequence: Vv05s0020g03470.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
lower sequence: AT3G22440.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
tttctgaggtatggcatggggcttttactgtgaattattgga-catgttccagtgtagtatagctga--gttttaatgcttgtaaaacttt-tgtcatatgcagATATGATTGAAGAATTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCACTTTACATACGAAGTTGGGCTTGTGGACAAGTTTCCCCCTGTACCCTTGCT
  |   |||| |   || |  |    ||||||     ||| | | | || |  ||||       | |   | |     |||  ||    ||  |   |   |||| ||||||||||||||| |||  |||||||||||  |||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| ||||| || ||||| || |||||
--tacaaggtgt--tattgaccacagactgtgtgaagttgaagcctttttctctgtatctcgttttataatatctgaacttacaagttgttgcgctgtccacagACATGATTGAAGAATTAATCAGCAGGGGACAACAGCTTGATGCTGTTCATTTTACTTATGAAGTTGGGCTTGTGGATAAGTTCCCTCCTGTTCCTTTGCT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161715868|gb|FC065192.1|FC065192
EST:     GCAGATGCCTAAGCTTGCTGTTTCGCTTGGGCTTGGTGATAAAATGGCCG                         ATATGATTGAAGAATTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCACT
genomic: GCAGATGCCTAAGCTTGCTGTTTCGCTTGGGCTTGGTGATAAAATGGCCGgtatttttcc ... tcatatgcagATATGATTGAAGAATTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCACT
EST: gi|77584551|gb|DV221351.1|DV221351
EST:     GCAGATGCCTAAGCTTGCTGTTTCGCTTGGGCTTGGTGATAAAATGGCCG                         ATATGATTGAAGAATTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCACT
genomic: GCAGATGCCTAAGCTTGCTGTTTCGCTTGGGCTTGGTGATAAAATGGCCGgtatttttcc ... tcatatgcagATATGATTGAAGAATTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCACT
EST: gi|110723355|gb|EE100569.1|EE100569
EST:     CAGATGCCTAAGCTTGCTGTTTCGCTTGGGCTTGGTGATAAAATGGCCG                         ATATGATTGAAGAATTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCACT
genomic: CAGATGCCTAAGCTTGCTGTTTCGCTTGGGCTTGGTGATAAAATGGCCGgtatttttcc ... tcatatgcagATATGATTGAAGAATTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCACT
EST: gi|34542824|gb|CF511056.1|CF511056
EST:     TTCGCTTGGGCTTGGTGATAAAATGGCCG                         ATATGATTGAAGAATTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCACT
genomic: TTCGCTTGGGCTTGGTGATAAAATGGCCGgtatttttcc ... tcatatgcagATATGATTGAAGAATTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCACT
EST: gi|110684987|gb|EE062894.1|EE062894
EST:     GCAGATGCCTAAGCTTGCTGTTTCGCTTGGGCTTGGTGATAAAATGGCCG                         ATATGATTGAAGAATTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCACT
genomic: GCAGATGCCTAAGCTTGCTGTTTCGCTTGGGCTTGGTGATAAAATGGCCGgtatttttcc ... tcatatgcagATATGATTGAAGAATTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCACT
EST: gi|30302625|gb|CB979419.1|CB979419
EST:     GCAGATGCCTAAGCTTGCTGTTTCGCTTGGGCTTGGTGATAAAATGGCCG                         ATATGATTGAAGAATTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCACT
genomic: GCAGATGCCTAAGCTTGCTGTTTCGCTTGGGCTTGGTGATAAAATGGCCGgtatttttcc ... tcatatgcagATATGATTGAAGAATTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCACT
EST: gi|110417405|gb|EC983457.1|EC983457
EST:     GCAGATGCCTAAGCTTGCTGTTTCGCTTGGGCTTGGTGATAAAATGGCCG                         ATATGATTGAAGAATTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCACT
genomic: GCAGATGCCTAAGCTTGCTGTTTCGCTTGGGCTTGGTGATAAAATGGCCGgtatttttcc ... tcatatgcagATATGATTGAAGAATTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCACT
EST: gi|110704400|gb|EE081514.1|EE081514
EST:     GCAGATGCCTAAGCCTGCTGTTTCGCTTGGGCTTGGTGATAAAATGGCCG                         ATATGATTGAANGA-TTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCAC
genomic: GCAGATGCCTAAGCTTGCTGTTTCGCTTGGGCTTGGTGATAAAATGGCCGgtatttttcc ... tcatatgcagATATGATTGAA-GAATTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCAC
EST: gi|161710733|gb|FC060298.1|FC060298
EST:     GCAGATGCCTAAGCTTGCTGTTTCGCTTGGGCTTGGTGATAAAATGGCCG                         ATATGATTGAAGAAT
genomic: GCAGATGCCTAAGCTTGCTGTTTCGCTTGGGCTTGGTGATAAAATGGCCGgtatttttcc ... tcatatgcagATATGATTGAAGAAT
EST: gi|37186504|gb|CF605857.1|CF605857
EST:     GCAGATGCCTAAGCTTGCTGTTTCGCTTGGGCTTGGTGATAAAATGGCCG                         ATATGATTGAAGAATTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCACT
genomic: GCAGATGCCTAAGCTTGCTGTTTCGCTTGGGCTTGGTGATAAAATGGCCGgtatttttcc ... tcatatgcagATATGATTGAAGAATTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCACT
EST: gi|110733214|gb|EE109211.1|EE109211
EST:     GCAGATGCCTAAGCTTGCTGTTTCGCTTGGGCTTGGTGATAAAATGGCCG                         ATATGATTGAAGAATTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCACT
genomic: GCAGATGCCTAAGCTTGCTGTTTCGCTTGGGCTTGGTGATAAAATGGCCGgtatttttcc ... tcatatgcagATATGATTGAAGAATTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCACT
EST: gi|110716881|gb|EE092249.1|EE092249
EST:     GCAGATGCCTAAGCTTGCTGTTTCGCTTGGGCTTGGTGATAAAATGGCCG                         ATATGATTGAAGAATTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCACT
genomic: GCAGATGCCTAAGCTTGCTGTTTCGCTTGGGCTTGGTGATAAAATGGCCGgtatttttcc ... tcatatgcagATATGATTGAAGAATTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCACT
EST: gi|34546224|gb|CF514456.1|CF514456
EST:     GCAGATGCCTAAGCTTGCTGTTTCGCTTGGGCTTGGTGATAAAATGGCCG                         ATATGATTGAAGAATTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCACT
genomic: GCAGATGCCTAAGCTTGCTGTTTCGCTTGGGCTTGGTGATAAAATGGCCGgtatttttcc ... tcatatgcagATATGATTGAAGAATTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCACT
EST: gi|33404309|gb|CF209936.1|CF209936
EST:     GCAGATGCCTAAGCTTGCTGTTTCGCTTGGGCTTGGTGATAAAATGGCCG                         ATATGATTGAAGAATTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCACT
genomic: GCAGATGCCTAAGCTTGCTGTTTCGCTTGGGCTTGGTGATAAAATGGCCGgtatttttcc ... tcatatgcagATATGATTGAAGAATTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCACT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttccagtgtagtatagctgagttttaatgcttgtaaaacttttgtcatatgcagATATGATTGAAGAATTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCACTTTACATACGAAGTTGGGCTTGTGGACAAGTTTCCCCCTGTACCCTTGCT
                      ttttaat  putative branch site (score: 3)
                                       cttttgtc  putative PPT
                                  taaaactttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tttctgaggtatggcatggggcttttactgtgaattattggacatgttccagtgtagtatagctgagttttaatgcttgtaaaacttttgtcatatgcagATATGATTGAAGAATTAGTCAATAGGGGACAACAAGTTGATGCTGTGCACTTTACATACGAAGTTGGGCTTGTGGACAAGTTTCCCCCTGTACCCTTGCT

- - - - - - -gcatggg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcttgt