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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtctttctctcaaaacagtcgtgtttgtttatcgcatttatttttattatttttatttttttgggtgtttcaatagttgattttttggtgttgcagTTGAGAGATGACCTTCGAAAATTTGCCACAGTGTTGGTGGTAGGGGCAGGTGGATTGGGCTGTGAACTGTTAAAGGACTTGGCTTTGTCGGGTTTCAAGA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0020g02820.t01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110712941|gb|EE088425.1|EE088425
EST:     TTCTCCGTCCCGGCCATCTTGTTGGCCCCACCTTCGAGCCTGGCCCCGAG                         TTGAGAGATGACCTTCGAAAATTTGCCACAGTGTTGGTGGTAGGGGCAGGT
genomic: TTCTCCGTCCCGGCCATCTTGTTGGCCCCACCTTCGAGCCTGGCCCCGAGgtctttctct ... ggtgttgcagTTGAGAGATGACCTTCGAAAATTTGCCACAGTGTTGGTGGTAGGGGCAGGT
EST: gi|30300928|gb|CB977722.1|CB977722
EST:     TTCTCCGTCCCGGCCATCTTGTTGGCCCCACCTTCGAGCCTGGCCCCGAG                         TTGAGAGATGACCTTCGAAAATTTGCCACAGTGTTGGTGGTAGGGGCAGGT
genomic: TTCTCCGTCCCGGCCATCTTGTTGGCCCCACCTTCGAGCCTGGCCCCGAGgtctttctct ... ggtgttgcagTTGAGAGATGACCTTCGAAAATTTGCCACAGTGTTGGTGGTAGGGGCAGGT
EST: gi|110711880|gb|EE088865.1|EE088865
EST:     TTCTCCGTCCCGGCCATCTTGTTGGCCCCACCTTCGAGCCTGGCCCCGAG                         TTGAGAGATGACCTTCGAAAATTTGCCACAGTGTTGGTGGTAGGGGCAGGT
genomic: TTCTCCGTCCCGGCCATCTTGTTGGCCCCACCTTCGAGCCTGGCCCCGAGgtctttctct ... ggtgttgcagTTGAGAGATGACCTTCGAAAATTTGCCACAGTGTTGGTGGTAGGGGCAGGT
EST: gi|110720200|gb|EE095912.1|EE095912
EST:     TTCTCCGTCCCGGCCATCTTGTTGGCCCCACCTTCGAGCCTGGCCCCGAG                         TTGAGAGATGACCTTCGAAAATTTGCCACAGTGTTGGTGGTAGGGGCAGGT
genomic: TTCTCCGTCCCGGCCATCTTGTTGGCCCCACCTTCGAGCCTGGCCCCGAGgtctttctct ... ggtgttgcagTTGAGAGATGACCTTCGAAAATTTGCCACAGTGTTGGTGGTAGGGGCAGGT
EST: gi|110718368|gb|EE095121.1|EE095121
EST:     TTCTCCGTCCCGGCCATCTTGTTGGCCCCACCTTCGAGCCTGGCCCCGAG                         TTGAGAGATGACCTTCGAAAATTTGCCACAGTGTTGGTGGTAGGGGCAGGT
genomic: TTCTCCGTCCCGGCCATCTTGTTGGCCCCACCTTCGAGCCTGGCCCCGAGgtctttctct ... ggtgttgcagTTGAGAGATGACCTTCGAAAATTTGCCACAGTGTTGGTGGTAGGGGCAGGT
EST: gi|110711482|gb|EE088011.1|EE088011
EST:     TTCTCCGTCCCGGCCATCTTGTTGGCCCCACCTTCGAGCCTGGCCCCGAG                         TTGAGAGATGACCTTCGAAAATTTGCCACAGTGTTGGTGGTAGGGGCAGGT
genomic: TTCTCCGTCCCGGCCATCTTGTTGGCCCCACCTTCGAGCCTGGCCCCGAGgtctttctct ... ggtgttgcagTTGAGAGATGACCTTCGAAAATTTGCCACAGTGTTGGTGGTAGGGGCAGGT
EST: gi|110709674|gb|EE085351.1|EE085351
EST:     TTCTCCGTCCCGGCCATCTTGTTGGCCCCACCTTCGAGCCTGGCCCCGAG                         TTGAGAGATGACCTTCGAAAATTTGCCACAGTGTTGGTGGTAGGGGCAGGT
genomic: TTCTCCGTCCCGGCCATCTTGTTGGCCCCACCTTCGAGCCTGGCCCCGAGgtctttctct ... ggtgttgcagTTGAGAGATGACCTTCGAAAATTTGCCACAGTGTTGGTGGTAGGGGCAGGT
EST: gi|110712191|gb|EE089528.1|EE089528
EST:     TTCTCCGTCCCGGCCATCTTGTTGGCCCCACCTTCGAGCCTGGCCCCGAG                         TTGAGAGATGACCTTCGAAAATTTGCCACAGTGTTGGTGGTAGGGGCAGGT
genomic: TTCTCCGTCCCGGCCATCTTGTTGGCCCCACCTTCGAGCCTGGCCCCGAGgtctttctct ... ggtgttgcagTTGAGAGATGACCTTCGAAAATTTGCCACAGTGTTGGTGGTAGGGGCAGGT
EST: gi|110694070|gb|EE070853.1|EE070853
EST:     TTCTCCGTCCCGGCCATCTTGTTGGCCCCACCTTCGAGCCTGGCCCCGAG                         TTGAGAGATGACCTTCGAAAATTTGCCACAGTGTTGGTGGTAGGGGCAGGT
genomic: TTCTCCGTCCCGGCCATCTTGTTGGCCCCACCTTCGAGCCTGGCCCCGAGgtctttctct ... ggtgttgcagTTGAGAGATGACCTTCGAAAATTTGCCACAGTGTTGGTGGTAGGGGCAGGT
EST: gi|110713830|gb|EE090092.1|EE090092
EST:     TTCTCCGTCCCGGCCATCTTGTTGGCCCCACCTTCGAGCCTGGCCCCGAG                         TTGAGAGATGACCTTCGAAAATTTGCCACAGTGTTGGTGGTAGGGGCAGGT
genomic: TTCTCCGTCCCGGCCATCTTGTTGGCCCCACCTTCGAGCCTGGCCCCGAGgtctttctct ... ggtgttgcagTTGAGAGATGACCTTCGAAAATTTGCCACAGTGTTGGTGGTAGGGGCAGGT
EST: gi|161719612|gb|FC064545.1|FC064545
EST:     TTCTCCGTCCCGGCCATCTTGTTGGCCCCACCTTCGAGCCTGGCCCCGAG                         TTGAGAGATGACCTTCGAAAATTTGCCACAGTGTTGGTGGTAGGGGCAGGT
genomic: TTCTCCGTCCCGGCCATCTTGTTGGCCCCACCTTCGAGCCTGGCCCCGAGgtctttctct ... ggtgttgcagTTGAGAGATGACCTTCGAAAATTTGCCACAGTGTTGGTGGTAGGGGCAGGT
EST: gi|110711335|gb|EE087704.1|EE087704
EST:     TTCTCCGTCCCGGCCATCTTGTTGGCCCCACCTTCGAGCCTGGCCCCGAG                         TTGAGAGATGACCTTCGAAAATTTGCCACAGTGTTGGTGGTAGGGGCAGGT
genomic: TTCTCCGTCCCGGCCATCTTGTTGGCCCCACCTTCGAGCCTGGCCCCGAGgtctttctct ... ggtgttgcagTTGAGAGATGACCTTCGAAAATTTGCCACAGTGTTGGTGGTAGGGGCAGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttattatttttatttttttgggtgtttcaatagttgattttttggtgttgcagTTGAGAGATGACCTTCGAAAATTTGCCACAGTGTTGGTGGTAGGGGCAGGTGGATTGGGCTGTGAACTGTTAAAGGACTTGGCTTTGTCGGGTTTCAAGA
                                 agttgat  putative branch site (score: 5)
                                       ttttttg  CT-rich tract
     ttatttttattttttt  TA-rich tract