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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...acaaaactctggccatatgccattattgtgattatggaatgtcaatgtctaaggtgtcatataatttcttattgattaatctatcttttttcccacctagATGGAGTGATTATGATGCCCAAGTCTACCAGAGGCCTTCAGCAGCTCCATCACTTTTTCCTTCGCATAATTCTGAAACTAGCATTTCAGCTAGGGTTTCC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0020g02350.t01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtctaaggtgtcatataatttcttattgattaatctatcttttttcccacctagATGGAGTGATTATGATGCCCAAGTCTACCAGAGGCCTTCAGCAGCTCCATCACTTTTTCCTTCGCATAATTCTGAAACTAGCATTTCAGCTAGGGTTTCC
                            gattaat  putative branch site (score: 3)
                                  tctatcttttttccca  CT-rich tract
           tcatataatttcttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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acaaaactctggccatatgccattattgtgattatggaatgtcaatgtctaaggtgtcatataatttcttattgattaatctatcttttttcccacctagATGGAGTGATTATGATGCCCAAGTCTACCAGAGGCCTTCAGCAGCTCCATCACTTTTTCCTTCGCATAATTCTGAAACTAGCATTTCAGCTAGGGTTTCC

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acaaaac
- - - - ctggcca
- - - - - - - -tatgcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - -ggaatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caatgtc