Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttcgtcctccttccctttccatcctctttatttctttctctttttccccaacttgattttcaaataaaaatccggttgaccaatgtatatctgtttcagGGTTTTTGGGTTGCTTTTAGTCTTTATGGTGATTCCAATTGATGAAAGGAGCAAATATGGGAGAAAACTATCCAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv04s0044g01940.t01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110719781|gb|EE095207.1|EE095207
EST:     GCTTTGGTCCTTACGGCCTTGCTATTCCTTCCGCTTTCCCTGGCCCTCAC                         GGTTTTTGGGTTGCTTTTAGTCTTTATGGTGATTCCAATTGATGAAAGGAG
genomic: GCTTTGGTCCTTACGGCCTTGCTATTCCTTCCGCTTTCCCTGGCCCTCACgttcgtcctc ... tctgtttcagGGTTTTTGGGTTGCTTTTAGTCTTTATGGTGATTCCAATTGATGAAAGGAG
EST: gi|351031411|gb|FQ445436.1|FQ445436
EST:     GCTTTGGTCCTTACGGCCTTGCTATTCCTTCCGCTTTCCCTGGCCCTCAC                         GGTTTTTGGGTTGCTTTTAGTCTTTATGGTGATTCCAATTGATGAAAGGAG
genomic: GCTTTGGTCCTTACGGCCTTGCTATTCCTTCCGCTTTCCCTGGCCCTCACgttcgtcctc ... tctgtttcagGGTTTTTGGGTTGCTTTTAGTCTTTATGGTGATTCCAATTGATGAAAGGAG
EST: gi|351042865|gb|FQ451159.1|FQ451159
EST:     GCTTTGGTCCTTACGGCCTTGCTATTCCTTCCGCTTTCCCTGGCCCTCAC                         GGTTTTTGGGTTGCTTTTAGTCTTTATGGTGATTCCAATTGATGAAAGGAG
genomic: GCTTTGGTCCTTACGGCCTTGCTATTCCTTCCGCTTTCCCTGGCCCTCACgttcgtcctc ... tctgtttcagGGTTTTTGGGTTGCTTTTAGTCTTTATGGTGATTCCAATTGATGAAAGGAG
EST: gi|349830416|gb|FQ420676.1|FQ420676
EST:     GCTTTGGTCCTTACGGCCTTGCTATCCCTTCCGCTTTCCCTGGCCCTCAC                         GGTTTTTGGGTTGCTTTTAGTCTTTATGGTGATTCCAATTGATGAAAGGAG
genomic: GCTTTGGTCCTTACGGCCTTGCTATTCCTTCCGCTTTCCCTGGCCCTCACgttcgtcctc ... tctgtttcagGGTTTTTGGGTTGCTTTTAGTCTTTATGGTGATTCCAATTGATGAAAGGAG
EST: gi|110366687|gb|EC930603.1|EC930603
EST:     GCTTTGGTCCTTACGGCCTTGCTATTCCTTCCGCTTTCCCTGGCCCTCAC                         GGTTTTTGGGTTGCTTTTAGTCTTTATGGTGATTCCAATTGATGAAAGGAG
genomic: GCTTTGGTCCTTACGGCCTTGCTATTCCTTCCGCTTTCCCTGGCCCTCACgttcgtcctc ... tctgtttcagGGTTTTTGGGTTGCTTTTAGTCTTTATGGTGATTCCAATTGATGAAAGGAG
EST: gi|110718650|gb|EE095723.1|EE095723
EST:     GCTTTGGTCCTTACGGCCTTGCTATTCCTTCCGCTTTCCCTGGCCCTCAC                         GGTTTTTGGGTTGCTTTTAGTCTTTATGGTGATTCCAATTGATGAAAGGAG
genomic: GCTTTGGTCCTTACGGCCTTGCTATTCCTTCCGCTTTCCCTGGCCCTCACgttcgtcctc ... tctgtttcagGGTTTTTGGGTTGCTTTTAGTCTTTATGGTGATTCCAATTGATGAAAGGAG
EST: gi|349810065|gb|FQ401511.1|FQ401511
EST:     GCTTTGGTCCTTACGGCCTTGCTATTCCTTCCGCTTTCCCTGGCCCTCAC                         GGTTTTTGGGTTGCTTTTAGTCTTTATGGTGATTCCAATTGATGAAAGGAG
genomic: GCTTTGGTCCTTACGGCCTTGCTATTCCTTCCGCTTTCCCTGGCCCTCACgttcgtcctc ... tctgtttcagGGTTTTTGGGTTGCTTTTAGTCTTTATGGTGATTCCAATTGATGAAAGGAG
EST: gi|349810606|gb|FQ402849.1|FQ402849
EST:     GCTTTGGTCCTTACGGCCTTGCTATTCCTTCCGCTTTCCCTGGCCCTCAC                         GGTTTTTGGGTTGCTTTTAGTCTTTATGGTGATTCCAATTGATGAAAGGAG
genomic: GCTTTGGTCCTTACGGCCTTGCTATTCCTTCCGCTTTCCCTGGCCCTCACgttcgtcctc ... tctgtttcagGGTTTTTGGGTTGCTTTTAGTCTTTATGGTGATTCCAATTGATGAAAGGAG
EST: gi|77585642|gb|DV221915.1|DV221915
EST:     GCTTTGGTCCTTACGGCCTTGCTATTCCTTCCGCTTTCCCTGGCCCTCAC                         GGTTTTTGGGTTGCTTTTAGTCTTTATGGTGATTCCAATTGATGAAAGGAG
genomic: GCTTTGGTCCTTACGGCCTTGCTATTCCTTCCGCTTTCCCTGGCCCTCACgttcgtcctc ... tctgtttcagGGTTTTTGGGTTGCTTTTAGTCTTTATGGTGATTCCAATTGATGAAAGGAG
EST: gi|37183836|gb|CF603190.1|CF603190
EST:     GCTTTGGTCCTTACGGCCTTGCTATTCCTTCCGCTTTCCCTGGCCCTCAC                         GGTTTTTGGGTTGCTTTTAGTCTTTATGGTGA
genomic: GCTTTGGTCCTTACGGCCTTGCTATTCCTTCCGCTTTCCCTGGCCCTCACgttcgtcctc ... tctgtttcagGGTTTTTGGGTTGCTTTTAGTCTTTATGGTGA
EST: gi|156739053|gb|EV243166.1|EV243166
EST:     GCTTTGGTCCTTACGGCCTTGCTATTCCTTCCGCTTTCCCTGGCCCTCAC                         GGTTTTTGGGTTGCTTTTAGTCTTTATGGTGATTCCAATTGATGAAAGGAG
genomic: GCTTTGGTCCTTACGGCCTTGCTATTCCTTCCGCTTTCCCTGGCCCTCACgttcgtcctc ... tctgtttcagGGTTTTTGGGTTGCTTTTAGTCTTTATGGTGATTCCAATTGATGAAAGGAG
EST: gi|110719222|gb|EE096951.1|EE096951
EST:     GCTTTGGTCCTTACGGCCTTGCTATTCCTTCCGCTTTCCCTGGCCCTCAC                         GGTTTTTGGGTTGCTTTTAGTCTTTATGGTGATTCCAATTGATGAAAGGAG
genomic: GCTTTGGTCCTTACGGCCTTGCTATTCCTTCCGCTTTCCCTGGCCCTCACgttcgtcctc ... tctgtttcagGGTTTTTGGGTTGCTTTTAGTCTTTATGGTGATTCCAATTGATGAAAGGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tccccaacttgattttcaaataaaaatccggttgaccaatgtatatctgtttcagGGTTTTTGGGTTGCTTTTAGTCTTTATGGTGATTCCAATTGATGAAAGGAGCAAATATGGGAGAAAACTATCCAG
                             ggttgac  putative branch site (score: 4)
                                             tctgtttc  putative PPT
     aacttgattttcaaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttcgtcctccttccctttccatcctctttatttctttctctttttccccaacttgattttcaaataaaaatccggttgaccaatgtatatctgtttcagGGTTTTTGGGTTGCTTTTAGTCTTTATGGTGATTCCAATTGATGAAAGGAGCAAATATGGGAGAAAACTATCCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAA