1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...acatttttttaatttaattttcttaggtagttctattcaatttacgtgctagtttgagctaatataagattctatatgattattttgatatggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAAGAAAGAAGAAGCAATTCAGAATCAATATGAGTTCTTTGTACAGCGAATG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv04s0008g04210.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAAEST: gi|110370974|gb|EC934642.1|EC934642
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAAEST: gi|18458302|gb|BM436580.1|BM436580
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAAEST: gi|22007494|gb|BQ792528.1|BQ792528
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTTTACACTAG GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAAEST: gi|110426742|gb|EC993161.1|EC993161
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAAEST: gi|30304131|gb|CB980925.1|CB980925
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTGATTCTAAEST: gi|33410442|gb|CF216069.1|CF216069
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAAEST: gi|26261673|gb|CA812736.1|CA812736
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAAEST: gi|110378909|gb|EC944067.1|EC944067
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAAEST: gi|27583881|gb|CB006576.1|CB006576
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAAEST: gi|33407799|gb|CF213426.1|CF213426
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAAEST: gi|110411856|gb|EC977582.1|EC977582
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAAEST: gi|26257789|gb|CA808852.1|CA808852
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAAEST: gi|30305341|gb|CB982135.1|CB982135
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAAEST: gi|110717237|gb|EE092920.1|EE092920
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAAEST: gi|110427333|gb|EC993768.1|EC993768
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAAEST: gi|110385358|gb|EC949875.1|EC949875
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAAEST: gi|30305413|gb|CB982207.1|CB982207
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: AATTGGGCCTTCAGACNTCCATCAACCTCTTCGATC-ATTTCTACACCAG GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAAEST: gi|30304203|gb|CB980997.1|CB980997
genomic: AATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTC-TCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTGATTCTAAEST: gi|351033864|gb|FQ447902.1|FQ447902
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
EST: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAG GGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
genomic: AAATTGGGCCTTCAGACCTTCATCAACCTCTCCACCAATTTCTACACCAGgttctttacc ... tggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAA
gtgctagtttgagctaatataagattctatatgattattttgatatggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAAGAAAGAAGAAGCAATTCAGAATCAATATGAGTTCTTTGTACAGCGAATG
taatataagattctat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| acatttttttaatttaattttcttaggtagttctattcaatttacgtgctagtttgagctaatataagattctatatgattattttgatatggaaattagGGTTTATGACGATGAAGAGGAATGGTTTCGTTTGATTTTTGCTAATTCTAAGAAAGAAGAAGCAATTCAGAATCAATATGAGTTCTTTGTACAGCGAATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - ctattca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tacgtgc