1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...ctatttttctgatgttattcctctatgatctgctctgtttgataacagctttctgggctgatacgattctgacgtgattttgtactttgttctgaaccagATTCCGGTAAAACACAGCGTGTAAAGGTGAAACAGATCAGTCTGAGATGGAAGAAGAAGCTCAAGGAAGCACAGAAGTTGCAGTGTTGAAGGTCGTCGAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv03s0017g01690.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
cagctttctgggctgatacgattctgacgtgattttgtactttgttctgaaccagATTCCGGTAAAACACAGCGTGTAAAGGTGAAACAGATCAGTCTGAGATGGAAGAAGAAGCTCAAGGAAGCACAGAAGTTGCAGTGTTGAAGGTCGTCGAG
ttctgac putative branch site (score: 2)
ctttgttct putative PPT
attttgta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctatttttctgatgttattcctctatgatctgctctgtttgataacagctttctgggctgatacgattctgacgtgattttgtactttgttctgaaccagATTCCGGTAAAACACAGCGTGTAAAGGTGAAACAGATCAGTCTGAGATGGAAGAAGAAGCTCAAGGAAGCACAGAAGTTGCAGTGTTGAAGGTCGTCGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - ctgatgt
- - - - - - - - - - ctctatg
- - - - - - - - - - - - - - tctgctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gataaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gggctga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttctgac