1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtccttacaccctcctccttctctacctttgttctactcctggacccaactttctcttctcagtgatcctatcaacttctcgtttttgtctctctcttatgtgcttctgctttttgtgtcagGGGTTGAGGCTTGTGAGAGATTAACCACGCTTGGTATTGCGGTTAATCTGGTGACGTACTTGACGGGTACTATGCATTTAGGCAATGCAAGCTCTGCCAA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv02s0154g00260.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGCCGAGAGGTCCAGGACTGGTGGCTGGATGAGTGCAGCCATGATTCTAG GGGTTGAGGCTTGTGAGAGATTAACCACGCTTGGTATTGCGGTTAATCTGGEST: gi|161718418|gb|FC064787.1|FC064787
genomic: AGCCGAGAGGTCCAGGACTGGTGGCTGGATGAGTGCAGCCATGATTCTAGgtccttacac ... tttgtgtcagGGGTTGAGGCTTGTGAGAGATTAACCACGCTTGGTATTGCGGTTAATCTGG
EST: AGCCGAGAGGTCCAGGACTGGTGGCTGGATGAGTGCAGCCATTATTCTAG GGGTTGAGGCTTGTGAGAGATTAACCACGCTTGGTATTGCGGTTAATCTGGEST: gi|161714642|gb|FC064225.1|FC064225
genomic: AGCCGAGAGGTCCAGGACTGGTGGCTGGATGAGTGCAGCCATGATTCTAGgtccttacac ... tttgtgtcagGGGTTGAGGCTTGTGAGAGATTAACCACGCTTGGTATTGCGGTTAATCTGG
EST: AGCCGAGAGGTCCAGGACTGGTGGCTGGATGAGTGCAGCCATGATTCTAG GGGTTGAGGCTTGTGAGAGATTAACCACGCTTGGTATTGCGGTTAATCTGGEST: gi|161706067|gb|FC056230.1|FC056230
genomic: AGCCGAGAGGTCCAGGACTGGTGGCTGGATGAGTGCAGCCATGATTCTAGgtccttacac ... tttgtgtcagGGGTTGAGGCTTGTGAGAGATTAACCACGCTTGGTATTGCGGTTAATCTGG
EST: AGCCGAGAGGTCCAGGACTGGTGGCTGGATGAGTGCAGCCATGATTCTAG GGGTTGAGGCTTGTGAGAGATTAACCACGCTTGGTATTGCGGTTAATCTGGEST: gi|161717307|gb|FC069193.1|FC069193
genomic: AGCCGAGAGGTCCAGGACTGGTGGCTGGATGAGTGCAGCCATGATTCTAGgtccttacac ... tttgtgtcagGGGTTGAGGCTTGTGAGAGATTAACCACGCTTGGTATTGCGGTTAATCTGG
EST: AGCCGAGAGGTCCAGGACTGGTGGCTGGATGAGTGCAGCCATGATTCTAG GGGTTGAGGCTTGTGAGAGATTAACCACGCTTGGTATTGCGGTTAATCTGG
genomic: AGCCGAGAGGTCCAGGACTGGTGGCTGGATGAGTGCAGCCATGATTCTAGgtccttacac ... tttgtgtcagGGGTTGAGGCTTGTGAGAGATTAACCACGCTTGGTATTGCGGTTAATCTGG
cctatcaacttctcgtttttgtctctctcttatgtgcttctgctttttgtgtcagGGGTTGAGGCTTGTGAGAGATTAACCACGCTTGGTATTGCGGTTAATCTGGTGACGTACTTGACGGGTACTATGCATTTAGGCAATGCAAGCTCTGCCAA
tctctctcttatgtgc CT-rich tract
tttttgt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtccttacaccctcctccttctctacctttgttctactcctggacccaactttctcttctcagtgatcctatcaacttctcgtttttgtctctctcttatgtgcttctgctttttgtgtcagGGGTTGAGGCTTGTGAGAGATTAACCACGCTTGGTATTGCGGTTAATCTGGTGACGTACTTGACGGGTACTATGCATTTAGGCAATGCAAGCTCTGCCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT